Николай Оттович фон Эссен родился 11 декабря 1860 г. в Санкт-Петербурге в семье товарища (заместителя) министра юстиции статс-секретаря Отто Васильевича фон Эссена. Будучи потомком остзейского дворянства, он имел титул барона; по окончании в 1881 г. Морского училища с отличием, его имя за успехи в учебе и хорошее поведение было внесено на мраморную доску. В чине мичмана он в течение двух лет плавал на броненосном фрегате «Герцог Эдинбургский». Затем был слушателем механического отделения Николаевской Морской академии. Окончил Артиллерийский офицерский класс в 1891 г. и был направлен на Тихоокеанскую эскадру в чине лейтенанта на крейсер «Адмирал Корнилов». Затем, в 1900 г. его перевели на Средиземноморскую эскадру командиром миноносца № 120 («Пакерорт»); старшим офицером канонерской лодки «Грозящий»; командиром штабного парохода «Славянка». Еще в конце 1899 г. фон Эссену был присвоен чин капитана 2-го ранга. В период зимовки парохода в Санкт-Петербурге он 1,5 года преподавал в Морском кадетском корпусе теоретическую механику и девиацию.
В 1902 г. назначен командиром новейшего крейсера 2-го ранга «Новик». Во время приемки корабля на судостроительном заводе в Германии барон фон Эссен за долгие недели пребывания весьма близко познакомился с местными рабочими, инженерами, а также и с аристократами, с которыми встречался в местном морском собрании. Пожалуй, впервые он, имея немецкие корни и признавая себя русским, ощутил особое чувство уважения и любви к русским людям со стороны немцев. Тогда же в нередких и откровенных беседах он неоднократно слышал (и среди судостроителей и дворянства Германии) мнение, что в конце XIX — начале XX вв. некие люди, именующие себя «борцами за народную справедливость», занимаются шовинизмом, раздувая огонь ненависти ко всему русскому, возводя клевету и напраслину на двоюродного брата императора Германии Вильгельма II — русского Императора Николая II. К сожалению, — говаривали ему немцы, — в это неправое дело включаются и некоторые местные газеты, а представители отдельных финансовых кланов евреев Ротшильда, Гольдмана и других подкупами, взятками и посулами стараются настроить членов правительства Германии против русского правительства, и делается это не без успеха. Все это очень беспокоило собеседников барона фон Эссена. Но, — заверяли они, — немцы, особенно те, что живут в портовых городах Балтийского моря, полагают, что и моряки Русского флота, находящиеся на судостроительных заводах и верфях Германии, понимают, что немцы для них — народ дружественный, ведь оба народа имеют очень близкие исторические корни и тесные связи, на протяжении всей истории периодически подвергавшиеся самым тяжелым испытаниям, в том числе и испытаниям войной. Надо только разоблачить, — убеждали барона, — некие силы, которые сталкивают наши два народа…