Тогда как в действительности его — блестящего стратега и тактика ведения морских баталий — удаляли не только из северной столицы, но и из империи! И все это — слагаемые одной цепи, штрихи одного и того же с дьявольской изощренностью продуманного, подготовленного и исполненного плана по захвату Российской империи.
В августе 1906 г., уже в чине контр-адмирала, Николай Оттович назначен начальником Отряда минных крейсеров Балтийского флота (позже — 1-я Минная дивизия). В этой должности он «нашел благородное поприще для проведения на деле тех своих выводов, к которым ему пришлось прийти собственным горьким опытом в 1904 г.» Во время командования Минной дивизией он создал систему интенсивных тренировок и учений, благодаря чему соединение превратилось в главное боевое ядро флота. Корабли дивизии работали в море и в Финском заливе в любую погоду, в любое время суток. В ноябре 1908 г. фон Эссен назначен начальником соединенных отрядов Балтийского флота. А в 1909 г. — начальником морских сил (с 1911 г. — командующий Балтийским флотом).
Он полностью перестроил деятельность подведомственных частей, соединений, учреждений, мастерских, а также вспомогательных служб флота, поставив все это действенно на службу флота, готовящегося к защите северной столицы от возможного противника.
Барон фон Эссен участвовал в разработке и принятии в 1912 г. плана действий флота на случай войны, в создании минно-артиллерийских позиций с целью защиты Финского залива и прибрежной зоны империи. Под командованием адмирал фон Эссена Балтийский флот встретил начало Первой мировой войны в полной боевой готовности к отражению нападения противника. В период с 1914 по 1915 г. его корабли провели активные минные постановки в южной Балтике. В 1914 г. адмирал награжден орденом Белого Орла с мечами.
Многим, очень многим в Госдуме и при планировании стратегических операций на Балтийском ТВД, и при определении финансирования сил флота и инфраструктуры он мешал. Не знал Николай Оттович, да и не мог знать, даже не мог понять, сопоставить, исходя из того, что творилось на июлях сражений, на морских коммуникациях, да и в столичных салонах, ЧТО же в действительности затевается против его великой Родины…
А те, кто затевал уничтожение Российской империи, сочли личность потомка древнего остзейского рода вовсе не безопасной фигурой, очень даже мешающей в осуществлении их кровавых дел, и отравили его. Смерть барона фон Эссена наступила 7 мая 1915 г.; в тот момент он находился на ходовом мостике флагманского корабля. Его тело доставили в Санкт-Петербург на эсминце «Пограничник» и 15 мая предали земле на кладбище Новодевичьего монастыря.