Специалистам хорошо известны работы Айзенка, выполненные в контексте клинической психологии: по тревожности и истерии, по выделению типов личности, имеющих склонности к различным соматическим заболеваниям. Он многое делал для развития поведенческой (бихевиоральной) терапии, занимаясь разработкой ее теории, популяризацией и непосредственно терапевтической работой, в частности с онкологическими больными. По его инициативе с 1960 г. стал издаваться журнал «Поведенческие исследования и терапия» (Behavioral Research and Therapy). Отвергая господство психиатров над психологами в Институте психиатрии, Айзенк сместил акцент в клинической психологии с диагностики на активную терапию. Не будучи ни терапевтом, ни клиницистом, он, тем не менее, заслуженно считается основателем английской клинической психологии. Его отделение дало приют развивающейся бихевиоральной терапии и стало родным домом для специалистов, ее практикующих.
Айзенк изучал психофизиологические основы интеллектуальной деятельности и создал «биологическую» теорию интеллекта, которая базируется на предположении о том, что в основе интеллекта лежит скорость прохождения импульса по «каналам нервной связи».
На протяжении всей жизни Айзенка интересовали биологические, и в частности наследственно обусловленные, истоки индивидуальных различий. Он всегда был активным и последовательным сторонником генетических исследований психических функций и, будучи человеком действия, стал одним из организаторов Лондонского близнецового исследования, выполненного в контексте генетики поведения.
В последние годы жизни Айзенк создал теорию креативности, в соответствии с которой процессы активации рассматриваются как фундаментальная основа и личностных, и когнитивных составляющих творческих способностей.
При всем многообразии тематики исследований Айзенк никогда не изменял главной теме своего научного поиска — исследованию индивидуальных различий. Какая бы психологическая реальность ни становилась предметом его изысканий, какие бы экспериментальные схемы и методы им ни использовались, цель всегда была одна — понять, в чем проявляются различия между людьми и какова причина этих различий. В 1979 г. им был основан журнал «Личность и индивидуальные различия» (Personality and Individual Differences), предназначенный для публикации именно по этой тематике и призванный объединить исследователей в этой области. Айзенк многое сделал для создания Международного общества по изучению индивидуальных различий (ISSID), восьмая конференция которого (последняя, на которой он присутствовал) состоялась за полтора месяца до его ухода из жизни (умер Айзенк 4 сентября 1997 г.).