Подводные силы превратились в почти самостоятельный флот. Они были укомплектованы исключительно добровольцами, и командовали ими молодые и умные офицеры.
Американскую концепцию использования подводных лодок диктовало наличие малого число баз, разделенных большим расстоянием. Поэтому лодки должны были совершать очень длинные переходы. Мы не имели ничего похожего на германских «дойных коров». Поэтому флот отдавал предпочтение крупным океанским лодкам с большой автономностью, надежными механизмами и улучшенной обитаемостью, в то время как европейские державы предпочитали более мелкие лодки. Все наши подводные корабли имели водоизмещение около 1500 тонн. Отклонениями были старые лодки типа S, имевшие водоизмещение от 800 до 1100 тонн, но к 1943 они устарели и были списаны. «Аргонот», «Нарвал» и «Наутилус» имели водоизмещение 2700 тонн. Средняя океанская лодка имела экипаж 7 офицеров и 70 матросов. Она имела дальность плавания 10000 миль и различные припасы на 60 дней. Их надводная скорость составляла 20 узлов, и подводная 9 узлов. Эти лодки могли следовать под водой в течение 48 часов со скоростью 2,5 узла. В 1942 началась установка радаров воздушного обнаружения и поиска кораблей, что значительно увеличило эффективность американских лодок. В начале войны лодки были вооружены 6 — 10 торпедными аппаратами 21″, 1 — 3″/50 палубным орудием и 2 — 12,7 мм пулеметами. Они несли примерно 18 запасных торпед. Первоначально все торпеды были парогазовыми, позднее появились бесследные электроторпеды. Боеголовки заполнялись ТНТ, а потом более мощным торпексом. Торпеда могла иметь контактный взрыватель, либо неконтактный магнитный.
К несчастью, по причинам, описанным в Главе 1, американские торпеды в начале войны имели серьезные дефекты механизма установки глубины и взрывателей. Это выяснилось лишь когда боевые действия уже шли достаточно долго. Первый дефект заставлял торпеду идти на 10 футов глубже, чем следовало. Обычно она проходила так глубоко под днищем корабля, что магнитный взрыватель не срабатывал. Контактный взрыватель устанавливался непосредственно перед выстрелом. Его боек оказался слишком хрупким и при нормальном попадании торпеды под прямым углом к борту корабля просто ломался. Взрыватели срабатывали только при скользящем ударе. Таким образом, самые лучшие выстрелы пропадали впустую. Вернувшиеся из похода капитаны рассказывали, что слышали, как 9 торпед ударяются о корпус японского корабля и не взрываются. Адмирал Нимиц в июне 1943 приказал больше не использовать магнитные взрыватели. Адмирал Локвуд провел серию контрольные выстрелов по береговым скалам острова Кохолаве и обнаружил причину неполадок. Боек был заменен более прочным. Но только в сентябре 1943 американские подводные лодки получили надежные торпеды.