Изменение тактики действий подводных лодок показывает пример похода «Тарпона». Возле Токийской бухты ночью 1 февраля 1943 лодка установил радиолокационный контакт, поднялась на поверхность и потопила транспорт в 11000 тонн. 8 февраля в темноте лодка снова обнаружила радаром цель. После погони в надводном положении, используя данные радара и перископ, она всадила 4 торпеды в «Тацута-мару» (17000 тонн). Гордость японского торгового флота пошла на дно.
В течение 1943 американские подводные лодки на Тихом океане потопили 22 военных корабля и 296 торговых судов, общим водоизмещением 1335240 GRT. Японские верфи в 1943 сумели построить лишь немного больше полумиллиона тонн. Еще 100000 тонн были захвачены, в результате убыль составила 718000 тонн. За этот же год Подводные Силы флота Соединенных Штатов потеряли 15 лодок и 1129 офицеров и матросов. Это была дорогая плата за успехи. Однако трое командующих подводными лодками в Пирл-Харборе, Брисбене и Фримантле имели в своем распоряжении 75 подводных лодок к 1 января 1944 против 53 лодок 1 января 1943. Из этого числа почти все были эскадренными лодками. Старые лодки типа S были отозваны в учебные центры. За этот же год японцы потеряли 23 подводные лодки.
Генерал МакАртур поддерживал контакт с филиппинским партизанами и не капитулировавшими подразделениями своей армии с помощью подводных лодок, базирующихся на Фримантл. В период с 8 февраля 1943 по 5 марта 1944 они совершили 19 походов с этой целью. Из них 7 походов совершила подводная лодка «Нарвал», специально выделенная для такой работы. Они доставили к партизанам важных связников, таких как капитан-лейтенант К. Парсонс, а также оружие, деньги, боеприпасы, рации и многое другое. «Нарвал» за один поход доставил 90 тонн грузов на Минданао и Самар, а также вывез 32 гражданских лица с Паная. Эти похода имели огромнейшее значение для сбора разведывательной информации о вражеских кораблях и перемещениях войск, снабжения партизан медикаментами и боеприпасами, для разрушения лживых заявлений японской пропаганды, будто американцы бросили Филиппины.
В мае 1943 «Тотог» получила специальное задание высадить 2 японцев на Целебесе. Оба были рьяными мусульманами, что создавало трудности, не предусмотренные наставлениями подводной службы. Колбасный фарш, мороженое, яичный порошок и другие обычные продукты подводников были для них табу. Они питались только тунцом и лососем. Штурману пришлось 4 раза в день давать им пеленг на Мекку. Эта история стала легендарной. Она помогла усовершенствовать искусство навигации, чтобы сыны Пророка могли возносить молитвы в нужном направлении.