14 и 15 июля ОС 38 атаковало до сих пор не тронутые цели на Хонсю и Хоккайдо. Наши самолеты полностью уничтожили систему автомобильных паромов между Аомори и Хакодате, которая обеспечивала перевозки угля через пролив Цугару.
Одновременно с воздушными атаками впервые наши корабли обстреляли города японской метрополии. Это были сталелитейный завод в Камаиси, один из 7 центров Японской Сталелитейной Компании. Группой обстрела командовал контр-адмирал Джон Ф. Шафрот. Она состояла из линкоров «Саут Дакота», «Индиана» и «Массачусетс», 2 тяжелых крейсеров и 9 эсминцев. Обстрел привел выходе из строя производства кокса на 2,5 месяца, на 1 месяц остановилось производство чугуна.
16 июля другое соединение под командованием контр-адмирала Оскара Бэджера, состоящее из линкоров «Айова», «Миссури», «Висконсин», 2 легких крейсеров и 8 эсминцев обстреляло сталелитейные заводы в Муроране, Хоккайдо. Обстрел проводился с очень большой дистанции в полночь. Плотная облачность и дождь мешали корректировать стрельбу. Было израсходовано рекордное количество 16″ снарядов. За кормой кораблей адмирала Бэджера шел британский линкор «Кинг Георг V» с 2 эсминцами, который должен был обстрелять завод в 8 милях к северу от города. Повреждения, причиненные этим обстрелом, нельзя отделить от результатов 2 налетов В-29 в июне и июле. Однако общий результат был таков, что производство практически остановилось. Была разрушена железнодорожная сеть, система электро- и водоснабжения.
К концу июля японские морские и воздушные силы были парализованы. Однако, как германские субмарины до последнего дня войны действовали в Атлантике, так и японские лодки продолжали походы в западной части Тихого океана. Однако, им повезло больше, чем немцам.
Последняя активная операция японского флота проводилась силами 6 подводных лодок, каждая из которых несла по 6 человеко-торпед кайтэн. 24 июля кайтэн c I-53 потопила эскортный миноносец «Андерхилл», сопровождавший конвой. При этом погибли 112 офицеров и матросов. Более серьезной катастрофой стала потеря тяжелого крейсера «Индианаполис» (капитан 1 ранга Чарльз МакВэй), который в одиночку пересекал Филиппинское море, чтобы присоединиться к учебному подразделению в заливе Лейте. Незадолго до полуночи 29 июля он был торпедирован и потоплен I-58. Из 1199 человек, находившихся на борту, примерно 800 спаслись на плотиках. Однако разгильдяйство береговых властей привело к тому, что пропажу крейсера никто не заметил. Сообщение армейского пилота, который видел сигнальные ракеты, выпущенные моряками с плотиков, сунули под сукно. Перехваченное донесение командира японской лодки было воспринято как японский трюк. Плавающие в море матросы были обнаружены только через 84 часа после гибели корабли самолетами флота. Удалось спасти только 316 человек.