Под руководством Куусинена Андропов и осваивал науку политической борьбы.
В Петрозаводске Андропов, не имевший высшего образования, поступил в только что открытый Карело-Финский государственный университет, где было тогда всего четыре факультета — историко-филологический, физико-математический, биологический и геолого-гидрогеографический.
2 сентября 1940 года в университете начались занятия. Перед студентами выступил и секретарь республиканского ЦК Геннадий Николаевич Куприянов, и глава Верховного Совета Куусинен — на русском и финском языках. На торжественном собрании присутствовал секретарь ЦК комсомола Карело-Финской ССР Юрий Андропов.
Но учебе помешала война. Впрочем, фронта Андропов избежал, он был нужнее в тылу — четыре года возглавлял республиканский комсомол.
В официальных биографиях написано о его «активном участии в партизанском движении в Карелии». В реальности партизанами занимались органы госбезопасности. Начальником штаба партизанского движения Карельского фронта был генерал-майор Сергей Яковлевич Вершинин, профессиональный чекист; до войны он был начальником Норильского исправительно-трудового лагеря НКВД, Комсомольским секретарям чекисты поручали отбирать молодежь для партизанских отрядов и разведывательно-диверсионных групп.
Исследователи обращают внимание на то, что Андропов не был награжден даже медалями «За победу над Германией» или «Партизану Отечественной войны», которые раздавались в массовом порядке. Скажем, его коллега по комсомолу, секретарь Московского горкома Александр Николаевич Шелепин, который реально занимался помощью партизанскому движению, в марте 1942 года получил орден Красной Звезды, а затем и партизанскую медаль.
Похоже, «партизанская» строчка в биографии Андропова появилась для того, чтобы украсить образ главного чекиста страны, получившего погоны генерала армии, но ни дня не служившего в вооруженных силах.
Задача республиканского комсомола состояла в том, чтобы мобилизовать всех, в том числе заключенных, на работы военного характера. Так Андропова включают в состав оперативного штаба по строительству Беломорского аэродрома: обязанность штаба — вывести на работы всех, кого можно найти в Беломорске.
В сорок первом немецкие и финские войска, наступая, оккупировали две трети территории Карело-Финской ССР. Осенью Петрозаводск пришлось оставить.
10 октября 1941 года бюро ЦК компартии постановило: «Считать необходимым перевести Правительство КФССР в г. Беломорск. Для размещения аппарата СНК и ЦК КП(б) освободить помещение, занимаемое Управлением Кировской ж.д.»