2 декабря 1949 года секретариат ЦК принял решение: *В связи с тем, что при обследовании работы ЦК КП(б) Карело-Финской ССР вскрыты крупные недостатки в руководстве партийной организацией со стороны т. Куприянова, а также факты, порочащие его как партийного руководителя, поручить комиссии в составе т.т. Пономаренко (созыв), Шкирятова, Дедова и Кузнецова Г. предварительно рассмотреть материалы проверки, заслушать объяснение г. Куприянова и подготовить мероприятия по укреплению руководства Карело-Финской ССР».
Пантелеймон Кондратьевич Пономаренко был секретарем ЦК, Матвей Федорович Шкирятов — заместителем председателя Комиссии партийного контроля, Афанасий Лукьянович Дедов — заместителем заведующего отделом партийных, профсоюзных и комсомольских органов ЦК.
26 декабря 1949 года на заседании оргбюро ЦК был заслушан доклад Куприянова, пытавшегося оправдаться, и резко критический содоклад инспектора ЦК Кузнецова. После чего секретариату ЦК поручили в недельный срок подготовить проект постановления.
Тем временем 19 января 1950 года в Петрозаводске на бюро республиканского ЦК Андропов представил список кандидатов в депутаты Совета Национальностей Верховного Совета СССР от Карело-Финской ССР. В списке значились Куусинен и Андропов — от Пудожского избирательного округа. Куприянова в депутаты уже не выдвигали. Его судьба была решена
14 января 1950 года постановлением политбюро Г.Н. Куприянов был освобожден от должности первого секретаря и отозван в распоряжение ЦК ВКП(б).
Отстранение первого секретаря было лишь началом кампании чистки, которая началась в Петрозаводске. 16 января появилось разгромное постановление оргбюро о работе ПК КП(б) Карело-Финской ССР, в котором работа республиканского ЦК признавалась «неудовлетворительной». Характерно, что обвинения против Куприянова и республиканского ЦК приобретали все более серьезный характер. Нывшего первого секретаря пристегивали к «ленинградскому делу».
В постановлении оргбюро говорилось:
«Признать неправильным, что ЦК КП(б) и Совет министров Карело-Финской ССР без разрешения союзного правительства учредили представительства Совета министров, а также представительства некоторых республиканских министерств и ведомств в городе Ленинграде.
Обязать ЦК КП(б) и Совет министров Карело-Финской ССР немедля ликвидировать институт уполномоченных Совета министров, министерств и ведомств Карело-Финской ССР в городе Ленинграде».
Главные неприятности ждали Куприянова впереди.
В постановлении оргбюро говорилось, что «т. Куприянов не справился с руководством партийной организацией республики и допустил крупные ошибки в своей работе и поведении...