Патриот-ученый видел громадную опасность в экономической зависимости русской промышленности от заграницы. «Представим себе, — писал Марковников, — что Россия вступила в войну со своими западными соседями. Привоз морской и сухопутный как сырых, так и обработанных химико-красительных продуктов совсем прекратился. Мы отказываемся изобразить ту картину бедствия, в котором очутится тогда вся наша промышленность».
Горячо протестовал Марковников против политики, направленной на вывоз сельскохозяйственных продуктов и ввоз фабрично-заводских. «Не следует упускать из виду, — писал он, — что в каждом фунте привозимого к нам искусственного ализарина заключена намного большая масса знаний, чем в миллионе пудов ржи, отправленном нами за границу».
Не принижая роли теоретической разработки науки, протестуя против узкого практицизма, утверждая, что в России больше чем где-либо требуется держать высоко, всем напоказ, знамя науки, Марковников тем не менее одним из главных условий процветания науки считал развитие химической промышленности.
Так же как и Столетов, Марковников с негодованием реагировал на ту тяжелую обстановку, в которой вынуждены были работать русские ученые.
«Если бы даже кому-нибудь из нас удалось, — говорил он, — самое невероятное, например, удобное получение искусственного золота и для этого потребовалась бы затрата значительного капитала, то пришлось бы наверное ехать продавать свой способ за границу». И сам же отмечал, что такой путь был немыслим для настоящего русского ученого. Передовые русские ученые не продавали за границу своих открытий. Лишенные возможности воплотить их в жизнь, эти ученые зачастую вынуждены были ограничиться областью одних лишь теоретических исследований. «Какой интеллектуальный стимул заставит русского ученого, — говорил Марковников, — бросить интересующие его вопросы и обратиться к другим, если из удачного разрешения их извлечет пользу немецкий или французский химик или заводчик?»
Роднила Столетова с Марковниковым и их отчетливо выраженная борьба против низкопоклонства перед заграничной наукой и техникой. Когда Марковникову посоветовали перевести один его труд, имеющий исключительное теоретическое значение, на иностранные языки, профессор ответил: «Если высказанная здесь мысль представляет интерес, то желающие могут пользоваться этим русским сочинением».
Всегда и во всем патриот, Марковников ратовал за развитие русских научных журналов, за печатание отечественными учеными своих трудов на русском языке. Ученый отстаивал ревностно равноправие в научной жизни русского языка с другими европейскими языками.