Борясь за первенство русской науки, за чесгь ее, Марковников написал прекрасную работу — «Исторический очерк химии в Московском университете». Этот человек, одним из любимых выражений которого было: «Ученым можешь ты не быть, но гражданином быть обязан», стал близким другом Столетова.
В своей борьбе за создание условий для научной работы в Московском университете Столетов получил надежного и смелого товарища. Вдвоем с Марковниковым они штурмуют университетские советы, министерство, добиваясь средств на развитие лабораторий.
Так же как и вокруг Столетова, вокруг Марковникова скоро возник кружок молодых людей, жаждущих работать в области химии. Вечно переполненный замыслами все новых и новых исследований, Марковников непрерывно работает сам и увлекает за собой других.
Учеников своих Марковников посылает работать на химические заводы. Он радуется тому, что бывшие универсанты успешно конкурируют там с людьми, получившими технологическое образование. В этом он видит установление прямой связи между наукой и техникой.
«Никакое знание в стране не может прогрессировать, а, наоборот, будет постоянно оставаться предметом роскоши, если не будет находить себе применение в жизни народа», — говорил ученый.
С приходом Марковникова преподавание химии в Московском университете коренным образом меняется. Совсем по-иному выглядит теперь и лаборатория.
«Чем была химия в Московском университете до вас и чем она стала? — говорил впоследствии Тимирязев на чествовании Марковникова.
..Я живо помню ее, эту старую химическую лабораторию, мрачную, темную, холодную, безмолвную, полуразвалившуюся — я бы сказал фаустовскую, если бы она не была лишена и тени фаустовской живописности. С вами свет и жизнь проникли в это мертвое царство. Молодые голоса нарушили чуть не вековое молчание этих угрюмых стен, а вслед за тем преобразились и самые стены, и Московский университет, благодаря Вашему упорному, настойчивому труду, получил настоящую европейскую лабораторию. Те, кто не видали сами этого превращения, не могут вполне его оценить, и им могут говорить только красноречивые цифры. Ведь не случайность, что за одинаковый период времени до Вас вышли два научных труда, а при Вас — почти 200. Не случайно и то совпадение, что с Вашим появлением в Москве и с почти одновременным появлением на кафедре опытной физики А. Г. Столетова изменилась и вся судьба естественного отделения математического факультета. Число студентов, постепенно падавшее и дошедшее до 17 на факультете, до 1 на четвертом курсе, внезапно стало повышаться до 100, до 600–700».