Первоначальная цель «Аль-Кайеды» – оказание помощи афганскому сопротивлению. После вывода советских войск Усама бен Ладен открыл «второй фронт джихада» – против Соединенных Штатов.
В Саудовскую Аравию бен Ладен вернулся как герой, но, став фанатиком джихада, уже не мыслил своей жизни вне постоянной борьбы. Вскоре он попадает в немилость к правящей династии. Саудовским властям, абсолютно лояльным Вашингтону, досаждали беспрерывная публичная критика Усамы и его упреки в отходе от истинных норм ислама. Особенно отрицательно отнесся он к размещению на святой саудовской земле сил антииракской коалиции, готовящихся к операции «Буря в пустыне». Антиправительственная деятельность «диссидента» побудила саудовские власти в 1991 г. выслать его из страны. Бен Ладен перебрался в Судан, где занялся строительством и инвестированием в суданскую экономику, что, как вскоре выяснилось, не являлось истинной сферой его интересов.
По данным американской разведки в период с 1994 по 1996 гг. он на деньги, вырученные от собственного и семейного бизнеса, создал на севере Судана несколько лагерей и учебных центров, где проходили курс обучения боевики из различных мусульманских стран. Вокруг него сгруппировались несколько сот «арабских афганцев» из Алжира, Туниса, Египта, Сирии, Саудовской Аравии, Палестины, Эфиопии, Эритреи, Уганды, Сомали, Филиппин, Боснии, Чечни. Впоследствии бен Ладен сформировал лагеря для подготовки боевиков в Северном Йемене.
В апреле 1994 г. саудовское правительство под нажимом США за связи с воинствующими исламистами лишило бен Ладена подданства и заморозило его финансовые активы, надеясь лишить возможности оказывать помощь исламистским экстремистам.
Однако широкая сеть родственных, дружественных и идейных контактов в исламском мире по-прежнему позволяла бен Ладену организовывать и оплачивать терроризм. По данным спецслужб, весной 1994 г. члены его группировок действовали во многих странах (Алжир, Голландия, Иордания, Ирак, Ливан, Малайзия, Марокко, Объединенные Арабские Эмираты, Пакистан, Россия, Румыния, Сирия и Турция). Он финансировал закупку оружия для экстремистской организации Алжира (ВИГ). Извещения о переводах поступали непосредственно из Хартума, где обосновался бен Ладен.
Из обнародованного в 1996 г. доклада египетских спецслужб стало ясно, что 51 исламистская организация: алжирская ВИГ, египетская «Джамаа Исламия», «Джихад» и другие, ставящие своей целью свержение существующих режимов в 13 арабских странах, финансируются Суданом и богатыми йеменцами. Тренировки многих членов этих организаций проводились в лагерях Афганистана и близ Хартума.