Но С. О. Макаров — родоначальник новых, оригинальных путей в морской науке — не был избалован признанием. Нельзя без боли читать его слова в протоколе прений после его лекций по морской тактике: «Я был очень тронут тем, что высказали в конце настоящей беседы лейтенант Беклемишев и полковник Пароменский, тронут вследствие малой привычки слышать доброе слово…» Лейтенант Беклемишев заявил в своем выступлении, что, следя внимательно за морской литературой, он может утвердительно сказать, что многие высказанные адмиралом идеи начинают, спустя несколько лет, предлагаться и пропагандироваться за границей выдающимися иностранными моряками и возвращаться иногда к нам с присвоенным этим идеям иностранным именем.
В 1891 году С. О. Макаров назначается главным инспектором морской артиллерии. Вникнув в работу морского артиллерий — ского оружия, он создает совершенно новый тип бронебойного снаряда. Он снабжает снаряд наконечником из мягкой стали, который позволяет пробивать броню и получать взрыв внутри корабля, где последствия взрыва наиболее эффективны.
Несмотря на тяжелую болезнь, Степан Осипович с увлечением работает над двумя большими исследованиями — «Разбор элементов, составляющих боевую силу судов» и «Рассуждения по морской тактике». Исследования эти легли в основу совершенно новой науки — морской тактики, впоследствии развитой военно — морскими специалистами всего мира.
С. О. Макаров подходит к кораблю, как к дому моряка и как к плавучей крепости. Он предлагает простые и остроумные средства для повышения непотопляемости и живучести корабля. Термин «живучесть» — способность корабля продолжать бой, невзирая на полученные повреждения, впервые вводится им в обиход.
Тактика морская отлична от тактики сухопутной. Но, учась тактике морской, необходимо впитать и усвоить весь исторический опыт великих полководцев, и С. О. Макаров учится у Суворова его науке побеждать. Он пропагандирует исторические высказывания Суворова и ценные суждения армейских специалистов — современников: Драгомирова, Скобелева. Громадный опыт командования кораблями и непрерывные учебные операции, которые всегда и всюду проводил на своих кораблях С. О. Макаров, позволяют ему совершенно точно и четко формулировать основные положения о маневрировании во время боя, об использовании минного оружия, артиллерии, тарана, применявшегося в XIX столетии достаточно широко.
Практическая деятельность С. О. Макарова как командира корабля и флотоводца часто заставляла его размышлять о больших тактических затруднениях, вносимых льдами. Он не раз возвращался к мысли об активных методах борьбы со льдом посредством специального корабля — мощного ледокола.