Требование грузинского руководства вывести российские базы с территории Грузии, согласно Стамбульским соглашениям 1999 г. — одна из наиболее острых проблем российско-грузинских отношений. В 2005 г. было заключено соглашение о порядке вывода российских военных баз. В ноябре 2007 г. Россия досрочно завершила полный вывод войск из Грузии. Российские военные базы в Грузии играли стабилизирующую роль в закавказском регионе. Посол Грузии при ООН Реваз Адамия обвинил Россию в геноциде и этнических чистках в Абхазии. По словам дипломата, в грузино-абхазском вооруженном конфликте российские войска принимали активное участие на стороне абхазских сил, поскольку 300 тыс. грузин были вынуждены покинуть регион, а 10 тыс. погибли во время военных действий. Это заявление дипломата было сделано после того, как в ходе консультаций между постоянными членами Совета Безопасности ООН Россия отказалась поддержать «план Бодена», предусматривающий федерализацию Грузии и начало переговоров между Тбилиси и Сухумом о разграничении предметов ведения и конституционных полномочий.
15 февраля 2006 г. парламент Грузии принял постановление, в котором обвинил Россию в аннексии грузинской территории и поручил правительству пересмотреть Дагомысские соглашения 1992 г., предусматривающие создание смешанной контрольной комиссии по урегулированию югоосетинского конфликта и ввод российских миротворцев в зону конфликта. Передать в международные организации материалы, доказывающие невыполнение российскими миротворческими силами взятых на себя обязательств и разработать новый мандат для замены российских военных миротворческим контингентом из других стран. За проект постановления проголосовали все 179 депутатов грузинского парламента.[30]
В конце марта 2006 г. отношения между Грузией и Россией осложнились «винным скандалом» — запретом, введенным Россией на импорт грузинских вин. В середине июля 2006 г. парламент Грузии принял резолюцию, требующую вывода российских миротворческих сил из Абхазии и Южной Осетии. Министерство иностранных дел РФ выразило сомнение в том, что Тбилиси намерено мирным путем разрешать конфликтную ситуацию в Абхазии и Южной Осетии, подчеркнув, что российские миротворцы являются гарантами невозобновления там боевых действий.
Осенью 2006 г. произошло самое серьёзное обострение отношений между Грузией и Россией, вызванное «шпионским скандалом». Грузинские спецслужбы задержали 27 сентября 2006 г. нескольких российских военнослужащих, проходивших службу в Группе российских войск в Закавказье, по подозрению в шпионской деятельности. По словам главы МВД Грузии Вано Мерабишвили, «задержанные вели разведывательную деятельность на территории Грузии и планировали осуществить провокации». Еще один российский офицер, сотрудник ГРУ, как заявил министр, «в настоящее время скрывается в штабе Группы российских войск в Закавказье (ГРВЗ), территория которого пользуется дипломатической неприкосновенностью».