Можно подумать, что шейбанидская династия и узбекское государство погибло. Наследник Тимуридов, Бабур, будущий император Индии, который, с того периода, когда был вытеснен из Трансоксианы, создал небольшое княжество в Кабуле, собрался и при поддержке сил, которые ему предоставил Шах Исмаил, совершил триумфальное возвращение в Самарканд (октябрь 1511). После Самарканда, свои врата ему открыла Бухара, в то время как Узбеки отступили до Ташкента. Реставрация тимуридов в Трансоксиане, усиленная иранским реваншем в Хорасане, показалась полной. Но для Бабура начались непредвиденные сложности. Персы, которые вынуждены были демонстрировать поддержку и принимать сюзеренитет, были шиитами. Население Бухары и Самарканда, в целом сунниты, его упрекали в осуществлении сделки с "еретиками" и отделялось от него, конфессиональные чувства превосходили тимуридскую лояльность. Под прикрытием религиозных проблем, Узбеки восстановились. Персидский полководец Неджм Сани и Бабур противостояли им в крупном сражении при Гадждаване, севернее Бухары, и в этот раз, были разбиты (12 декабря 1512 г.). Неджм был убит. Бабур, окончательно отказавшись от Трансоксианы, вернулся в свое Кабульское княжество, ожидая момента, который настал через семь лет, чтобы отсюда отправиться на завоевание Индии.
Бухара, Самарканд и вся Трансоксиана, таким образом, вернулись к Узбекам. Амударья стала границей между Сефевидским Ираном и Узбекским ханством, как когда-то Сасанидский Иран и Гуннские Орды.
Шейбанидская династия, достаточно реставрированная, правила весь XVI век – с 1500 по 1599 год на территории Трансоксианы. Самарканд, в принципе был столицей ханства, однако Бухара являлась уделом членов правящей семьи, не менее слабой, чем собственно хан, и часто была уделом официального наследника. Ташкент являлся также уделом Шейбанидов. Эта династия, по происхождению монгольская, но совершенно тюркизированная в языке и культуре, не избежала распада почти так же, как некогда Тимуриды. Однако, в отличие от Тимуридов, она сумела сохранить минимум единства перед лицом внешних врагов.
В период хана Котшкунджи (1510-1530), дяди Мухаммеда Шейбани, Узбеки, отобрали у Персии часть Хорасана, включая Мешхед и Астерабад (1525-1528). Персидский шах Тахмасп (1524-1576) вернул эту страну в результате победы, одержанной над ними 26 сентября 1528 г. в битве при Турбети Шейх-Джем, между Мешхедом и Гератом. Тимурид Бабур, ставший с 1526 года султаном Индии, попытался воспользоваться поражением Узбеков для захвата Трансоксианы. Его сын Хумаюн занял Гиссар, расположенный севернее Аму-Дарьи, в содружестве с Шах Тахмаспом, однако вынужден был оставить этот район, когда Тахмасп покинул этот театр боевых действий, чтобы двинуться на запад, где намечалась война с Османами (1529). Котшкунджи, в год своей смерти (1529-1530), отбросил Персов и Тимуридов на юг Амударьи. Хан Обейдалла (1533-1539), племянник Мухаммеда Шейбани и Котшкунджи, разгромил персидского шаха Исмаила II. Абд-Алла II – наиболее знаменитый шейбанид после Мухаммеда Шейбани, собрал все земли этого семейства, разбросанные между родственниками.