Это произошло, когда он стал властителем Бухары – в 1557 г., Самарканда – в 1578 и Ташкента – в 1582. Правя под именем своего отца Искандера (1560-1583), он властвовал под своим именем с 1583 по 1598 год. Чтобы уберечь Трансоксиану от вторжения Киргиз-Казахов, весной 1582 года он предпринял поход в степи Малой Орды вплоть до гор Улуг-таг, между Сары-су и Тургаем. Он осуществил также экспедицию в Кашгарию, в ходе которой он опустошил территории Кашгара и Яркенда. Наконец, он одновременно оторвал от Персии Хорасан, включая Герат, который пал после девятимесячной осады, Мешхед – священный город шиитов, который молодой Шах Аббас не смог спасти, и который Узбеки, сунниты, полностью разорили, вырезав часть населения. Абд-Алла II отторг от Персии также Нишапур, Себзевар, Исфараин и Тебес, небольшие части Хорасана, от Герата до Астерабада. Что касается Балха, то с 1582 г. здесь было образовано княжество для Ал-Мумина, сына Абд-Аллы.
Удача покинула Абл-Аллу II в последующие годы. В 1597 году правитель Персии Шах Аббас Великий одержал над Узбеками, недалеко от Герата, крупную победу, которая позволила вернуть Хорасан. Сын Абд-Аллы, Ал-Мумин восстал против него, и этим трением воспользовались Киргизы, чтобы разорить район Ташкента. Абд-Алла умер в начале 1598 г., увидев перед смертью творение своих рук в руинах. Наследовавший ему Ал-Мумин был убит по прошествии шести месяцев. Это явилось концом династии шейбанидов.
Таким образом, эта династия правила в Трансоксиане немногим менее века. За это время, ей удалось установить господство "Чингизханидов" в Бухаре и Самарканде. Но каждый раз – при Мухаммеде Шейбани, и при Абд-Алле II, когда она вступала на иранскую землю, в Хорасан, она в результате рассеивалась Персидскими шахами. Во время, когда создавались империи, говорилось, что в соответствии с "этносом" двух стран, Персия останется персам, и Туркестан – тюркам.
Бухарское ханство при Астраханидах и Мангитах
Узбекское ханство Трансоксианы происходило из другого семейства, а именно Джанидов или Астраханидов.
Когда в 1554 году Русские присоединили Астраханское ханство, принц из Чингизханидской династии Астрахани (семейство Орда и Улус-хана), по имени Яр Мухаммед, и его сын Джан, эмигрировали в Бухару ко двору шейбанидского хана Искандера (1560-1583), который выдал за Джана свою дочь. Мужское потомство шейбанидов завершилось в 1599 г. на Абд-ал-Мумине, и Бухарский трон перешел к "астраханиду" – Баки Мухаммеду, сыну Джана и наследнику шейбанов.
Династия Астраханидов правила с 1599 по 1785 год на территории Трансоксианы, где столицей была Бухара. Она владела также Ферганой вплоть до 1700 года, периода, когда было создано независимое Кокандское ханство, и Балхом, который служил уделом для официальных наследников вплоть до завоевания города Персидским правителем Надир шахом в июле 1740 г. 22 сентября 1740 г. Надир шах победил Узбеков благодаря своей артиллерии, и появился перед Бухарой. Астраханидский хан Абул Фаиз (правил с 1705 по 1747 год) вынужден был принять сюзеренитет и признать Амударью в качестве южной границы Бухарин.