Было бы большой ошибкой представлять империю последних Чагатаидских ханов XVI в. как страну упадническую. Присутствие таких блистательных личностей как хан Юнус и Хайдар-мирза говорит о противоположном. Это страна, где китайское господство привело к утрате национальных чувств, изолированности и ревностному закрытию (известно по опыту 1931 г., на какой манер нелюбезность местной администрации держит и сегодня двери закрытыми). Эта страна была замешана во всех культурных течениях ирано-тюркского Ислама. Карьера хана Юнуса знаковая: этот ученик ширазских школ отправился править Кучой и Турфаном. Одновременно, Хайдар-мирза, принц Возрождения, воевал вместе с Бабуром в Трансоксиане, затем помог Чингизханиду Саид-хану вернуть Кашгар и Яркенд, прежде чем отправиться в 1541 г. для завоевания для него же княжество Кашмир. В целом, несмотря на закоренелое кочевничество племен Юлдуза и Уйгуристана, которые доставили немало тревог последним наследникам Чагатая, окончательный результат господства этих последних заключается в возможности соединения не только Кашгарии, но и древней страны уйгуров Кучи, Кара-шахра и Турфана с персидской цивилизацией и иранизированными тюрками Самарканда и Герата.
Эту тюрко-иранскую мусульманскую культуру тимуридского Возрождения, Чагатайские ханы стремились распространить вплоть до Дальнего Востока, до границ собственно Китая династии Мин. Мин-ши, подтвержденное в Тарихи Рашиди, нам говорит о том, что хан Мансур воевал в Китае. Второй из этих источников эту борьбу представляет как священную войну против "неверных". [1342]
Ареной спора всегда был оазис Ха-ми. В 1513 году местный принц из Ха-ми, которого звали согласно китайской транскрипции Ра-йа-тен, подчинился Мансуру. В 1517 году Мансур обосновался в Ха-ми и начал руководить оттуда набегами на территорию собственно Китая, в направлении Дун-хуана, Су-чжоу и Кан-чжоу, в Кан-су. В это время его брат Саид-хан, находясь в Кашгарии, вел священную войну в тибетской провинции Ладак, где в 1531 г. историк Хайдар-мирза командовал войсками. [1343]
В ханстве Уйгуристан или Турфан, Мансур оставил в качестве наследника своего сына Шах-хана, который правил с 1545 до примерно 1570 года. Согласно Мин-ши (Тарихи Рашиди заканчивается на этом правлении), [1344] Шах-хан боролся против своего родного брата Мухаммеда (Ма-хей-ма), который захватил часть княжества Ха-ми и получил против него помощь Ойратов или Калмыков. После смерти Шах-хана в 1570 г., Мухаммед стал правителем Турфана, но вынужден был в свою очередь обороняться от третьего брата по имени Суфи-султан (Софей-Су-тан), который искал через посольство возможной помощи Китая. Источники молчат относительно судьбы чагата-идского ханства Турфана после него. Тем не менее, мы знаем, что в 1647 г. один из Турфанских султанов, которого Китайцы характеризуют как подлинного Чагатаида, направил посольство в Пекин.