Почти все внебюджетные фонды определенную часть средств направляют на проведение научно-исследовательских работ. Однако они значительно отличаются по доле средств, направляемых на исследовательскую работу, поиск инновационных решений. По этому показателю внебюджетные фонды могут подразделяться на три группы. У внебюджетных фондов, относящихся к первой группе (межотраслевые и отраслевые фонды НИОКР), все средства направляются на инновационные разработки, ко второй группе (например, экологические фонды) – значительная часть этих средств (30–40 %), к третьей группе (например, фонд воспроизводства минерально-сырьевой базы и др.) – их небольшая доля (5—10 %).
Среди фондов, направленных на финансирование инновационной деятельности, особое место принадлежит Фонду содействия развитию малых форм предприятий в научно-технической сфере (создан в соответствии с постановлением Правительства РФ от 3 февраля 1994 г.). Этот фонд образован для развития малого предпринимательства в научно-технической сфере, например для создания малых наукоемких фирм, «инкубаторов» бизнеса, инновационных центров и др. Кроме того, он содействует поощрению конкуренции в научно-технической сфере путем оказания финансовой поддержки наукоемким проектам, которые разработаны малыми предприятиями. Фонд является юридическим лицом, действует в соответствии с законодательством о некоммерческих организациях. Он имеет право выступать залогодателем, поручителем и гарантом по обязательствам юридических и физических лиц, предоставлять финансовую помощь (в том числе безвозмездную) для реализации федеральных, отраслевых и региональных программ и эффективных проектов малого инновационного предпринимательства. Финансовая помощь в реализации инновационных проектов предоставляется фондом только на конкурсной основе, финансовая помощь малым инновационным предприятиям – как на возмездной (возвратной), так и безвозмездной основе. Фонд является соисполнителем Федеральной программы государственной поддержки малого предпринимательства.
Внебюджетные фонды наряду с другими фондами формируют систему финансирования инновационной деятельности.