Тогда эти мечты не сбылись, вероятно, потому, что царствование Петра III оказалось столь недолговременным. Но теперь положение Ломоносова было еще хуже. Екатерина ясно и недвусмысленно показала ему свое нерасположение, обойдя его своими «милостями», довольно щедро раздававшимися ею по случаю вступления на престол. Даже ничтожный Тауберт вскоре же после переворота был произведен (указом от 19 июля 1762 года) в статские советники и сделался чином выше Ломоносова.
Тауберта выводил в люди Теплов, который оказался одним из самых деятельных участников переворота, произведенного Екатериной. Это именно он за один присест сочинил в надлежащих выражениях манифесты об отречении Петра III и воцарении Екатерины, которые тайно печатались ночью в академической типографии с ведома Тауберта. Это он вместе с Алексеем Орловым очутился 6 июля 1762 года в Ропшинском дворце и присутствовал при убийстве низложенного императора. И даже, несмотря на то, что вскоре обнаружились плутни и предательство самого Теплова, доносившего о переписке Екатерины с Разумовским накануне переворота, и это не остановило его возвышения.
Враги Ломоносова смелеют день ото дня. Вскоре Ломоносов лишается почти всех своих покровителей при дворе. Один за другим сходят со сцены деятели елизаветинского царствования.
Со смертью Елизаветы И. И. Шувалов потерял всякое значение. 4 января 1762 года умер Петр Шувалов, задолжавший в конце своей жизни почти миллион государственной казне. Его похоронили с презрительной рассеянностью, под насмешливые возгласы толпы, вспомнившей его откупы и монополии, так что когда замешкались с выносом, в народе кричали, что покойника «солью осыпают» и «кладут в моржовое сало». И хотя во время переворота 28 июня И. И. Шувалов один из первых явился в собор к присяжному листу и даже был замечен Екатериной, которая сочла нужным громко сказать ему: «Иван Иванович, я рада, что ты с нами», он поспешил удалиться от двора. В марте 1763 года он получил, наконец, от царицы «дозволение отъехать на некоторое время в чужие края», где и пробыл ни много, ни мало четырнадцать лет, не показываясь на родину. Еще в январе того же года Екатерина II, «снисходя» на прошение генерал-фельдмаршала графа Александра Шувалова, соизволила в рассуждении его «слабого здоровья» уволить его в вечную отставку. А вслед за ним и канцлер М. И. Воронцов почувствовал необходимость в заграничном лечении.
Вокруг Ломоносова образовалась пустота. Вскоре дошел черед и до него. 2 мая 1763 года Екатерина, находясь в Москве, подписала указ сенату: «Коллежского советника Ломоносова всемилостивейше пожаловали мы в статские советники и вечною от службы отставкою с половинным по смерть его жалованьем».