15 мая указ был получен в Петербурге. В тот же день Ломоносов отказался подписать журнал и протоколы Академической канцелярии и уехал в свое поместье. А на другой день Миллер поспешил написать своим знакомым за границу: «Наконец-то Академия освобождена от господина Ломоносова». Немного поразмыслив, он вычеркнул слово «наконец», но сохранившийся черновик выдает его злорадство. Миллера лишь одно беспокоит: что «о том еще ничего неизвестно из Ведомостей». «Ведомости», отмечавшие каждое крупное назначение или отставку, почему-то молчали.
Тем временем в сенат пришла другая собственноручная записка Екатерины: «Есть ли Указ о Ломоносова отставке еще не послан из Сената в Петербург, то сейчас его ко мне обратно прислать» (13 мая 1763 года).
Задев Ломоносова, Екатерина скоро поняла, что зашла слишком далеко. Ломоносов был национальной гордостью России. Человек из народа достиг славы, неслыханной еще в крепостной России. Тысячи русских людей различных сословий открыто восхищались им, раскупали его сочинения, брали пример с его жизненного подвига. Трогать его было опасно. Открытая опала Ломоносова, несомненно, вызвала бы недовольство. А это относилось к числу таких вещей, с которыми Екатерина очень умела считаться. И она торопливо пошла на уступки. Ломоносов остался в Академии.
Однако новые уколы и неприятности не заставили себя ждать. 14 июля 1763 года Екатерина неожиданно повелела Академии наук приступить к составлению «Карт российских продуктов». Для каждого продукта предполагалась особая карта. Число их должно было непрерывно возрастать с появлением новых продуктов. Вдобавок карты предполагалось переиздавать каждый год, чтобы вносить в них все текущие изменения. Составление карт было поручено Тауберту и Миллеру под наблюдением Теплова, что было новой обидой для Ломоносова. Кроме того, весь проект отличался канцелярской, оторванной от жизни «государственной мудростью». Ломоносов сделал к этому указу насмешливые и даже дерзкие замечания, подчеркнув его надуманность и нелепость. «Краткое содержание сего указа, — прежде всего отметил Ломоносов, — есть сие: в географическом департаменте оставить дело Российского атласа затем, чтобы делать Российский атлас. Причина тому, что оной сочиняется под смотрением советника Ломоносова, а сей имеет сочиняться под надзиранием действительного статского советника Теплова».
Ломоносов раскрывает всю бессмыслицу высочайшей затеи: «Продуктов Российских найдется по малой мере до трех сот; следовательно для четырех частей великороссийской, малороссийской и двух сибирских, будет карт до 1200, то есть в сорок раз больше изданного Российского атласа». «Карты продуктов, именуемые: хлебная, пенечная, льняная, табачная; следовательно должны быть карты чесночная, лапотная, рогожная, мыльная, кожаная, хомутинная и другие сим подобные, в великом множестве… И сколь приятно смотреть на ту ж карту, несколько сот раз напечатанную, с тою только отменою, что на одной написано: конопляное масло, на другой сальные свечи, на третьей смолчуг