Ломоносов имел все основания не доверять этому ученому. Узнав, что Шлёцер собирается покинуть Россию, он забил в набат. Шлёцеру был открыт свободный, бесконтрольный доступ к государственным архивам, и Ломоносов обеспокоился, что, собственно, извлек оттуда Шлёцер и в каком направлении может этим воспользоваться. «Уведомился де он, — писал Ломоносов в сенат, — что находящийся здесь при переводах адъюнкт Шлёцер с позволения статского советника Тауберта переписал многие исторические известия, еще не изданные в свет, находящиеся в библиотечных манускриптах, на что он и писца нарочного содержит. А как известно, что оной Шлёцер отъезжает за море и оные манускрипты, конечно, вывезет с собой, для издания по своему произволению; известно же, что и здесь даваемые в России через иностранных известия не всегда без пороку и ошибок служащих России в предосуждение». Сенат повелел Шлёцера задержать отпуском, а библиотечные рукописи и все исторические известия, не изданные в свет, отобрать.
Но Тауберт, у которого, по словам Шлёцера, «тоже были добрые друзья в сенате», предупредил события. Рано утром 3 июля 1764 года он нагрянул на квартиру к ничего не подозревавшему Шлёцеру. Наскоро объяснив ему, что стряслась беда, Тауберт поспешно собрал принадлежащие Академии наук рукописи и фолианты, которыми безвозбранно пользовался на дому Шлёцер, и «всю эту груду бумаг лакей бросил в карету и Тауберт уехал», оставив всполошившегося Шлёцера размышлять о превратностях судьбы. Но Шлёцер не долго пребывал в унынии. Поддержанный и ободренный Таубертом и Тепловым, он стал держаться очень развязно. Он давал такие объяснения: к списыванию источников его побуждала не только потребность историка, но и своеобразное человеколюбие. У него был слуга, который «вдался в пьянство и другие пороки, свойственные подлому народу, я старался его от этого отвлечь, и за наилучшее почел средство приобучить его к трудам. Я не мог иного ему дать дела, как заставить его писать. А других у меня для него письменных дел не было, кроме летописей; намерение мое мне удалось, и я вдруг сделал троякую пользу: детина от пороков своих отвадился, я достал летописи, а его сиятельство [президент Академии] получил годного и употребительного слугу».
Шлёцер признавался в своих мемуарах, что, читая подобные ответы, Тауберт «несколько раз принимался смеяться… его радовал тон ответа, который доказывал, что я не потерял духа». Но горевать Шлёцеру не приходилось. Тауберт, невзирая на протесты Ломоносова, измышлял наиболее дипломатические способы увольнения Шлёцера, с тем чтобы «считать его и впредь яко действительно служащим при Академии», придать ему двух или трех студентов «из посылаемых за море» для обучения восточным языкам и пр. Ломоносов, еще чувствуя свою силу, язвительно возражал против «подложных отпусков» и указывал, что не может доверить Шлёцеру «ниже волоса студентского».