Но Спасские школы остались духовной школой и сохранили свой схоластический характер. Впрочем, они не были чужды умственному движению. Феофилакт Лопапинский, читавший в 1704 году в академии курс физики по Аристотелю, упоминал в своих лекциях и Декарта. Обращаясь к своим слушателям, он говорил: «Мы уважаем всех философов и преимущественно Аристотеля, однако, не утверждаясь на древних мнениях, но желая узнать чистую истину, не полагаемся ни на чьи слова; философу свойственно доверять больше разуму, чем авторитету… Ум был не у одного Платона или Аристотеля». Все это, однако, не снимало печати отсталости со Славяно-греко-латинской академии, и Аристотель не переставал в ней главенствовать и служить основой миро воззрения.
Академия делилась на восемь классов: четыре низших, которые назывались фара, инфима, грамматика, синтаксима, два средних — пиитика и риторика, и два высших — философия и богословие. В низших классах учили латыни, славянскому языку, нотному пению, преподавались начатки географии, истории и математики. В средних учили красноречию, ораторскому искусству и литературе. В высших классах, наряду с логикой и философией, слушатели получали скудные и старомодные сведения по психологии и естественным наукам, рассматриваемым попутно с физикой.
Число учеников в академии в среднем составляло около двухсот. Состав их был весьма пестрый. Тут можно было встретить и дворянских недорослей и молодых монахов, детей беднейшего приходского духовенства и детей посадских, стряпчих, солдат, мастеровых, типографских рабочих, новокрещенных татар, даже «богаделенных нищих».
Старший современник Ломоносова, знаток горного дела, географ, этнограф и историк, Василий Никитич Татищев оставил весьма пренебрежительный отзыв о Московской академии. По его словам, «язык латинский у них несовершен», классических авторов — Ливия, Цицерона, Тацита — не читают, «философы их куда лучше, как в лекарские, а по нужде аптекарские ученики годятся», «физика их состоит в одних званиях или именах, новой же и довольной, как Картезий, Малебранш и другие преизрядно изъяснили, не знают». «И тако в сем училище, — заключает Татищев, — не токмо шляхтичу, но и подлому научиться нечего, паче же что во оной больше подлости, то шляхтичу и учиться не безвредно».
Татищев требует введения широкого светского образования, но исключительно для дворян. Его раздражает не только система преподавания, но главным образом социальный состав Московской академии, где училось слишком много «подлости». Это повлияло и на всю оценку школы. При всей неудовлетворительности академии обучавшаяся там «подлость» выносила из нее куда больше, чем подозревал Татищев! «Шляхетское» же пренебрежение надолго затемнило роль академии в образовании русской демократической интеллигенции и демократических традиций русской науки!