Жить и учиться в Спасских школах Ломоносову было трудно. При школе не было общежития. Небольшой каменный флигель занимали ректор и префекты. Учителям были отданы тесные кельи. А учеников и вовсе поместить было некуда. Некоторые из них «обретались» у знакомых монахов и за то, что убирали и подметали их кельи, получали право ночевать где-либо в уголке или в сенях, другие же ютились в различных трущобах города. Школярам полагалось выдавать мизерное «жалованье». В краткой автобиографической записке, составленной Ломоносовым в начале 1754 года, он сообщает: «В московских Спасских школах записался 1731 года, генваря 10 числа. Жалованья в шести нижних школах получал по три копейки на день. А в седьмой четыре копейки на день». Но и это скудное жалованье, выдававшееся раз в месяц тяжелыми медяками, подолгу задерживали. Сохранилось известие, что как раз в 1732 году жалованье не выдавалось ни ученикам, ни учителям вовсе, так что многие ученики «претерпевали глад и хлад, от школ поотставали».
Вся обстановка в академии наводила уныние и скорее отвращала, чем приохочивала к наукам. От учеников требовали не столько разумного, сколько дословного заучивания всего преподаваемого. Учебников почти не было, учились по рукописным тетрадкам и записям лекций, которые передавались из класса в класс. Ученики должны были покупать бумагу за свой счет, а это было им не по карману. Вместо карандашей писали свинцовыми палочками, которые делали из расплющенной дроби. Осенью ученики академии устремлялись к московским прудам и речкам, где паслись стада гусей, и собирали перья, которые им потом и служили весь год.
В полутемных классах с низкими потолками было холодно и смрадно. На некрашеных длинных скамьях обтрепанные ученики в нескладных длиннополых полукафтаньях долбили латинские спряжения или правила риторики. Учеников приучали говорить по-латыни между собой, для чего прибегали ко всяким побудительным средствам. В Киевской академии, например, был введен так называемый «калькулюс». Начиная с класса грамматики ученику, если он допускал ошибку или сбивался с латыни на родную речь, вешали на шею бумажный свиток, вложенный в небольшой футляр. Обладатель такого украшения должен был, в свою очередь, кого-нибудь словить на ошибке и сбыть ему постыдный «калькулюс». Тот, у кого сверток оставался на ночь, подвергался насмешкам, а то и наказанию. «Калькулюс» применялся и в Московской академии во времена Ломоносова.
Но главным педагогическим средством оставались розги. В Спасских школах секли нещадно. Полуголодные ученики, из которых многие по великовозрастности не отличались от Ломоносова, скучали и балбесничали. Ученики «до драки скоры». За различные продерзости их ставили коленями на горох, «смиряли шелепами», наказывали плетьми и лозами, били «кошками» и даже сажали на цепь. Поощрялись доносы и наушничество.