В Академию наук поступали большие книжные собрания, в том числе личная библиотека Петра, царевны Наталии Алексеевны, Брюса, графа Строганова и других. Сюда посылали животных, минералы, раковины, старинное оружие, монеты, предметы искусства. Мало-помалу все это находило свое место. Из собрания «куриозных вещей» возникали академические музеи, стяжавшие себе мировую славу.
Петр снаряжал большие экспедиции для изучения страны. В 1718 году была отправлена экспедиция к границам Монголии. В 1719 году Петр послал Евреинова и Лужина к берегам Тихого океана. За несколько недель до смерти Петр составил наказ великой Камчатской экспедиции Беринга. Всю эту огромную и настоятельно нужную работу и должна была возглавить Петербургская Академия наук. Когда она была открыта, Петра I уже не было в живых. Он умер 28 января 1725 года. Торжественное открытие Академии наук состоялось 27 декабря 1725 года. Физик Георг Бильфингер «изъявил слушателям» все «вины» (параграфы) Академического устава, а потом прочел свое рассуждение о магните. Ученые собрания академиков начались еще раньше. В теплом, благоустроенном доме на Петроградской стороне, отделанном Растрелли (отцом) на совсем еще недавно пустынных берегах Невы, ученые в тяжелых напудренных париках важно обсуждали вопросы о фигуре Земли и законе всемирного тяготения.
С 1728 года начинает выходить ученый журнал на латинском языке, носивший название «Комментарии». Он содержал труды по физике и математике. В том же году появилось и первое ученое издание на русском языке — «Краткое описание Комментариев Академии Наук», составившее увесистый том большого формата, великолепно отпечатанный на плотной бумаге, с прекрасными заставками, гравированными на меди. На первой странице изображены четыре пухлых купидона с озабоченными лицами, вооруженные математическими инструментами, глобусом и циркулями. В первом томе «Краткого описания» была помещена обстоятельная статья «О щете интегральном» в переводе первого русского адъюнкта математики Василия Адодурова, статья о механических силах, законах падения и др.
Петербургская Академия наук не только не отставала от лучших европейских академий и особенно университетов, но во многом и превосходила их. Она была свободна от средневекового балласта. В ней совсем не были представлены «теологи». Ее основные силы были устремлены на решение вопросов естествознания. Петр Великий приложил все усилия, чтобы обеспечить первый состав Академии наук выдающимися научными силами. И это ему удалось. Русская Академия наук привлекла к себе крупных ученых. Гениальный математик Леонард Эйлер, ставший нашим академиком, впоследствии рассказывал, что когда братья Николай и Даниил Бернулли, происходившие из знаменитой семьи швейцарских математиков Бернулли, получили приглашение в Русскую Академию, то и у него «явилось неописанное желание отправиться вместе с ними». Для этого Эйлер начинает ревностно заниматься медициной, так как в Петербурге он мог рассчитывать лишь на кафедру физиологии. Впоследствии Эйлер всегда подчеркивал, что именно Русской Академии он обязан своим научным развитием. На вопрос прусского короля, где он изучил то, что знает, Эйлер, находившийся тогда на службе в Берлине, «согласно истине ответил, что всем обязан моему пребыванию в Петербургской Академии наук».