Осенью 1940 года в цехах завода № 156 кипела работа по всем трем проектам ЦКБ-29, отрабатывали системы на ПБ100, заготавливали детали для «102» и устанавливали двигатели и оборудование на «103».
В конце января 1941 года новый фронтовой пикирующий бомбардировщик «103» взлетел с двигателями Микулина АМ-37 по 1400 лошадиных сил. Летчик-испытатель полковник Нюхтиков и штурман Акопян машиной очень довольны Она легко управляется, устойчива и не склонна ни к рысканию, ни к раскачке. В феврале провели замер максимальной скорости. Оказалось 643 км/ч. Ни один бомбардировщик с такой скоростью не летал. Сталин на радостях сразу приказал запустить бомбардировщик «103» в серию с началом поставок в феврале 1942 года. Но военные летчики настояли на перекомпоновке машины. Объединить штурмана с летчиком в одной кабине, как у немецкого «Юнкерса 88», увеличить емкость топливных баков, еще один ствол сзади и наружная подвеска двух бомб по одной тонне. Эту модифицированную, а по сути, новую машину, которую обещали запустить в серию, обозвали «ЮЗУ».
Для коллектива заключенных конструкторов Туполева это был удар ниже пояса. Ведь они так надеялись на освобождение по примеру петляковцев. После проникновенного выступления Андрея Николаевича на конспиративном собрании в спальне заключенные конструкторы начали работать над новой машиной с удесятеренной энергией и до глубокой ночи. Весной 1941 года взлетела и она. Максимальная скорость уменьшилась на 50 км/ч.
Новый удар — катастрофа этой машины. Загорелся в полете правый двигатель. Нюхтиков покидает горящий самолет, а Акопян погибает. Из-за прекращения производства высотных двигателей АМ-37 Туполев переделывает самолет под двигатели воздушного охлаждения Швецова М-82. Самолет «103В» находился на начальном этапе сборки, когда началась война.
Государственные испытания бомбардировщика «103» успешно закончились, но для него, как и для разбившегося «ЮЗУ», двигателей нет. Теперь вся надежда только на вариант «ЮЗВ».
В конце июля Туполева освобождают из-под стражи. Его зама Базенкова освободили раньше вместе с петляковцами. Заключенные авиаконструкторы ЦКБ-29 в теплушках с зарешеченными окнами и в сопровождении конвоя эвакуируются в Омск. Уже в эвакуации в Омске в августе были освобождены из-под стражи 18 туполевцев, Мясищев, Томашевич и Склянский. Следующая партия заключенных конструкторов была освобождена только весной 1942 года. А в конце 1944 года ЦКБ-29 перестало существовать.
К середине декабря 1941 года начинаются летные испытания самолета «103В». К началу войны фронтовой бомбардировщик Туполева не успел. Но был создан прототип самого эффективного бомбардировщика Второй мировой войны. В конце марта 1942 года после запуска в серийное производство в Омске самолету присваивается наименование Ту-2. Он существенно превосходил находящийся на вооружении Люфтваффе пикирующий бомбардировщик Ju 88 А-1 по всем параметрам. И по некоторым характеристикам был лучше разработанного в 1941 году Ju-188.