Понятно, какое сильное и удручающее впечатление эта соборное определение должно было произвести прежде всего на Стефана Вонифатьевича. Все его хлопоты и старания о введении единогласия, его горячая уверенность, что без единогласия в народе не может насаждаться истинное благочестие, о чем он так усиленно заботился вместе с царем и другими ревнителями, должны были кончиться ничем, благодаря сопротивлению патриарха и его сторонников. Этого мало. Соборное формальное постановление окончательно узаконило у нас многогласие, это «в нашем православии великое безчиние и грех», полагало сильное препятствие, по крайней мере в ближайшем будущем, всем дальнейшим попыткам ввести у нас единогласие. Всегда спокойный и кроткий Стефан на этот раз не выдержал. Он публично жаловался государю на патриарха и всех властей, присутствовавших на соборе, называл их волками и губителями, а не пастырями, говорил, что утвержденным собором многогласием уничтожается истинная церковь Христова, и в глаза бранил и бесчестил патриарха и всех присутствовавших на соборе сторонников многогласия. Эта несдержанная выходка Стефана сильно оскорбила патриарха и властей, тем более, что все это произошло публично. Иосиф решился воспользоваться этим обстоятельством, чтобы окончательно разделаться с ненавистным ему царским духовником. От своего лица и от лица всего освященного собора он подал государю челобитную на благовещенского протопопа Стефана Вонифатьевича, в которой писал: «в нынешнем, государе во 157 году, февраля в 11 день, указал ты, благочестивый и христолюбивый государь царь, мне, богомольцу своему, и нам богомольцом своим, быть у себя, государя, в середней. И тот благовещенский протопоп Стефан бил челом тебе, государю, на меня, богомольца твоего, и на нас, на весь освященный собор, а говорил: будто в московском государстве нет церкви Божии, а меня, богомольца твоего, называл волком, а не пастырем; тако ж называл и нас, богомольцов твоих, митрополитов, и архиепискупов, и епискупа, и весь освященный собор бранными словами, и волками, и губителями, и тем нас, богомольцов твоих, меня, патриарха, и нас, богомолецов твоих, освященный собор, бранил и безчестил». Затем патриарх заявляет: «в уложенной книге писано: кто изречет на соборную и апостольскую церковь какие хуленые словеса, да смертью умрет, а он, Стефане, нетолько что на соборную и апостольскую церковь хулу принес и на все Божии церкви, и нас, богомольцов твоих, обезщестил». В виду этого патриарх просит царя созвать собор для суда над Стефаном