На соборе 1654 года Никон постарался намечаемую им церковную реформу выдать за дело представителей всей русской церкви, показать, что его реформаторская деятельность опирается на согласие и одобрение целого собора, а не есть только его личное дело, или дело небольшого кружка лиц, хотя бы очень сильных и великую власть имеющих. Но этим Никон далеко не достиг своей цели, — оппозиция его реформам нисколько не была ослаблена собором 1654 года.
Дело в томе, что собор 1654 года уполномочивал Никона произвести исправление замеченных им погрешностей в церковных чинах и обрядах на основании старых харатейных книг славянских и греческих, а вовсе не на основании печатных заграничных греческих книг, или на основании современной греческой церковной практики, по указанием и под руководством современных греков. Во всех ответах на вопросы и указание Никона, собор очень ясно и определенно заявлял, что те или другие погрешности «достойно и праведно исправити противо старых харатейных и греческих»; или: «и рече собор положити против древних уставов», т. е. собор желал и уполномочивал Никона производите исправление по древним славянским переводам и по древним греческим спискам так, чтобы эти исправление опирались исключительно на греческую и русскую старину, а вовсе не на современную только греческую церковную практику. Затем, собор не уполномочивал Никона производить реформы в той области обряда, которая ранее была ограждена от всяких перемен клятвою Стоглавого собора (двуперстие, двоение аллилуии), хотя этот русский обряд и расходился с тогдашним греческим обрядом. А между тем Никон стал потом исправлять наши церковные книги по греческим венецианским изданием, наши церковные чины и обряды на основании современной ему практики греческой церкви, по указанием и под руководством разных случайных заезжих в Москву гречан, стал, опираясь на греков, изменять и переделывать и тот обряде, который был огражден от всяких перемен клятвою Стоглавого собора. Ясное дело, что Никон, в своей последующей реформаторской деятельности вовсе не стоял на почве строго соборных полномочий 1654 года, и всякая попытка в последующей деятельности Никона видеть только приложениe полномочий, данных ему на соборе 1654 года, будет просто натяжкою, не оправдываемою самым ходом дел.
И по другим обстоятельствам собор 1654 года не мог произвести на противников Никона никакого особого впечатления, способного удержать их от противодействия реформам Никона. Если мы и поймем постановления собора 1654 года в смысле вполне благоприятном для Никона, то и в таком случае, в глазах его противников, эти соборные постановление теряли свое значение, так как они, по их мнению, служили выражением не голоса всей церкви, а только личных взглядов Никона. Недаром конечно Неронов в челобитной государю 1654 года настаивал, чтобы в Москве, для обсуждения и решения всех возникших церковных дел, собран был собор — «не сонмище иудейско», а собор истинный, настоящий, на котором бы присутствовали не одни архиереи, но и архимандриты, игумены, протопопы, книжными знаниями отличающиеся священники и диаконы, всякого чина мирские люди, заявившие себя добродетельной жизнью, иноки живущие в пустынях, науку имеющие от божественного писание» и прославившиеся святостью своей жизни, чтобы таким образом на соборе мог выразиться, и притом свободно, без всяких стеснений, голос всей церкви, а не голос искусственно подобранных лиц, вовсе не выражавших голоса всей церкви. А между тем Никон собрал собор только из таких лиц, от которых не ожидал себе никакого противоречия, которые дрожали пред всемогущим патриархом и не отваживались на заявление своих, неугодных ему мнений; они только угодливо выслушивали мнения патриарха и бесприкословно подписывались под продиктованными им решениями. Поэтому на соборе не было собственно никаких обсуждений и прений, как бы следовало, а все решалось по желанию и в угоду всемогущему, не терпевшему никаких противоречий патриарху. На соборе, кроме подбора известных лиц, предприняты были и особые меры, чтобы решение поставленных Никоном вопросов, совершилось обязательно в известном наперед Никоном и царем предрешенном смысле, как это видно из самых соборных деяний. В них рассказывается, что когда Никон спрашивал собор: «и о сем прошу решетя: новым ли нашим печатным служебникам иследовати, или греческим и нашим старым, которые купно обои един чин и устав показуют»? то «