Однако, тем не менее, данный перевод во многом не сходится с каноническим текстом Ветхого Завета, принятым современным иудаизмом. Такое несоответствие означает, что он был переведен с какого-то другого текста этого писания, отличного от современного иудейского канона. Это однозначно признаётся даже в комментарии к синодальному изданию Библии: "Септуагинта в некоторых деталях отличается от масоретского текста, так как масореты и переводчики на греческий пользовались разными рукописями (списками) древнего текста" [7, c. 1000].
И.Ш.Шифман приводит сопоставительную характеристику масоретского текста Ветхого Завета (Танаха) и Септуагинты [46, c. 224–225]:
| | МАСОРЕТСКИЙ ТЕКСТ | | СЕПТУАГИНТА |
|---|
| Название книги | Глав | Стихов по пометам масоретов | Глав | | стихов |
| | | | | Никифор | Кларомонтанская рукопись | Список Моммзена |
| Бытие | 50 | 1534 | 50 | 4300 | 4500 | 3700 |
| Исход | 40 | 1209 | 40 | 2800 | 3700 | 3000 |
| Левит | 27 | 859 | 27 | 2700 | 2800 | 2300 |
| Числа | 36 | 1288 | 36 | 3530 | 3650 | 3000 |
| Второзаконие | 34 | 955 | 34 | 3100 | 3300 | 2700 |
| Иисус Навин | 24 | 656 | 24 | 2100 | 2000 | 1750 |
| Cудей | 21 | 618 | 21 | 2450 (+ Руфь) | 2000 | 1750 |
| Самуила I–II | 31+24 | 1506 | 31+24 | 2240 | 4500 | 4500 |
| Царей I–II | 22+25 | 1534 | 22+25 | 2203 | 5000 | 4800 |
| Исаия | 66 | 1291 | 66 | 3800 | 3600 | 3580 |
| Иеремия | 52 | 1362 | 52 | 4000 | 4070 | 4450 |
| Иезекииль | 48 | 1273 | 48 | 4000 | 3600 | 3340 |
| Осия | 14 | 197 | 14 | | 530 | |
| Иоиль | 4 | 73 | 3 | | 90 | |
| Амос | 9 | 146 | 9 | | 410 | |
| Овадия | 1 | 21 | 1 | | 70 | |
| Иона | 3 | 48 | 4 | | 150 | |
| Михей | 7 | 105 | 7 | | 310 | |
| Наум | 3 | 47 | 3 | | 140 | |
| Аввакум | 3 | 56 | 3 | | 160 | |
| Софония | 3 | 53 | 3 | | 140 | |
| Аггей | 2 | 38 | 2 | | 110 | |
| Захария | 14 | 211 | 14 | | 660 | |
| Малахия | 3 | 55 | 4 | | 200 | |
| 12 пророков | | | | 3000 | | 3800 |
| Псалмы | 150 | 2517 | 151 | 5100 | 5000 | 5000 |
| Иов | 42 | 1070 | 42 | 1800 | 1600 | 1700 |
| Притчи | 31 | 915 | 29 | 1700 | 1600 | |
| Руфь | 4 | 85 | 4 | | 250 | 250 |
| Песнь песней | 8 | 117 | 8 | 280 | 300 | |
| Екклесиаст | 12 | 222 | 12 | 750 | | |
| Плач | 5 | 154 | 5 | | | |
| Есфирь | 10 | 168 | 16 | 350 | 1000 | 700 |
| Даниил | 12 | 357 | 13 | 2000 | 1600 | |
| Ездра-Неемия | 10+13 | 685 | 10+13 | 5500 | 1500 | |
| Хроники I–II | 29+36 | 1765 | 29+36 | 5500 | | 2040+2100 |
Кроме указанных в таблице Септуагинта включает следующие книги: Товит, Иудифь, Премудрость Соломона, Премудрость Иисуса, сына Сирахова, Варуха, Послание Иеремии, Маккавеев I–III, Ездры [46, c. 225].
Таким образом, из всего этого следует, что в III–I до н. э. было в хождении сразу несколько отличных друг от друга текстов Ветхого Завета. Причем, расхождения в этих текстах священного писания существуют не только в заглавиях или в повествованиях, но и в самом каноническом тексте. Например, Пророчество Исаии о Тире (23:1-10) в Септуагинте и иудейском (Масоретском) каноне изложены соответственно следующим образом:
| ИУДЕЙСКИЙ КАНОН | СЕПТУАГИНТА |
|---|
| Слово о Тире | Слово о Тире |
| Плачьте, корабли таршишские, ибо он разрушен, нет ни домов, ни ворот. Из страны Киттиев возвещено им. Молчите, жители острова! Купцы сидонские мореходы наполняли тебя и по водам великим семена Шихора, жатва Тира доставлялись к нему, и там торговали народы. Устыдись, Сидон, ибо говорит море, мощь морская так: " Я не мучилась, и не рождала, и не выращивала юношей, не взращивала девиц. Когда слух дойдет до Египта, содрогнутся они от того, что услышат о Тире. Переходите в Таршиш, плачьте жители острова! Это ли ваш надменный город, коего начало с давних времен? Уводят его ноги вдаль, чтобы поселиться там. Кто решил это о Тире, раздающем венцы, купцы которого правители, торговцы — знатные люди земли? Яхве Воинств решил о нем, чтобы посрамить надменность всякой славы, посрамить всех знатных людей земли. Переходи на землю свою, как река, дочь Таршиша, нет препоны более. |