Поражение при Эгоспотамах положило конец морскому могуществу Афинского государства и приблизило конец Пелопоннесской войны. Теперь на море господствовал флот Спарты.
После побед на море Лисандр возглавил сухопутные войска Спарты и ее союзников и захватил несколько полисов на Геллеспонте и во Фракии, в которых поставил у власти своих наместников. Круг союзников демократических Афин неумолимо сужался под ударами морских и сухопутных сил Пелопоннесского союза.
В конце концов усилия Лисандра увенчались полным успехом. В 405–404 годах до н. э. флот и армия Пелопоннеского союза осадили Афины с моря и суши.
Афины, защищенные высокими и мощными крепостными стенами, были почти неуязвимы с суши. Однако этого нельзя было сказать об афинских морских воротах Пирее, которые были открыты со стороны моря. Осенью 405 года корабли Лисандра блокировали пирейский порт.
Афиняне были преисполнены решимости выстоять в осаде и переломить ход войны. Но запасов продовольствия в городе было очень мало. Вместе с голодом начались эпидемии, от которых умерло много людей. В апреле 404 года Афины после шестимесячной осады капитулировали перед Спартой. Условия мира, продиктованные им Лисандром, были крайне суровы и унизительны. Они преследовали одну цель – уничтожить военное и политическое могущество поверженного противника. Афинский морской союз прекратил свое существование.
В городе по требованию победителей ликвидировался демократический строй правления и устанавливалось олигархическое правление «тридцати тиранов» – олигархической коллегии из 30 человек, бывших у власти в Афинах в апреле – декабре 404 года до н. э. Их власть Лисандр поддерживал военной силой. Эмигранты, которые подверглись гонениям со стороны афинской демократии, подлежали амнистии. Но при всем этом Афины, согласно заключенному мирному договору, сохраняли свою государственную независимость.
Лисандр одновременно позаботился о полной ликвидации военной мощи Афин. Кроме Аттики, теперь во владении Афин оставалось всего четыре острова в Эгейском море. Почти весь афинский военный флот (за исключением 12 небольших сторожевых кораблей) отошел победителям. По требованию Лисандра были срыты Пирейские стены и другие городские укрепления. Тем самым Афины лишались реальной возможности воссоздать свою военную мощь.
В результате Пелопоннесской войны Афины ушли с политической арены и гегемоном Древней Греции стала Спарта.
Теперь деятельность Лисандра была направлена на дальнейшее возвеличивание Спарты в эллинском мире, по сути дела, на создание Спартанской империи. Однако после неудачного заговора Лисандра отстранили от командования армией и флотом. При этом были напрочь забыты его военные заслуги.