В ходе Пелопоннесской войны Алкивиад перешел на сторону Спарты, и по его совету спартанцы заняли Декелею – важный стратегический район севернее Афин. 20 тысяч рабов, трудившихся в хозяйствах афинян на равнине Аттики, встали на сторону врагов своих хозяев. Тем временем военная экспедиция на остров Сицилию потерпела поражение – афинскому войску и флоту не удалось овладеть богатыми Сиракузами. Многие афиняне попали в плен и были проданы в рабство, а их стратегов казнили.
Как флотоводец и полководец, Лисандр появился на сцене Пелопоннесской войны в 407 году до н. э. В тот год он возглавил спартанский флот, который нес на своем борту многочисленные десантные отряды.
В 407 году у мыса Нотий около Эфеса состоялось первое крупное морское сражение в этой войне. Пелопоннесским флотом командовал Лисандр, афинским, который блокировал эфесскую гавань, – Алкивиад, вновь ставший противником Спарты.
Триерам Лисандра удалось в ходе сражения вывести из строя 15 кораблей противника, после чего афинский флот покинул гавань Эфеса.
После одержанной победы Лисандру пришлось оставить пост флотоводца и передать его Калликрату – законы Спарты разрешали командовать флотом только один год.
Тем временем политическим лидером Афин стал демократ Клефонт. Приложив немало сил и средств, афиняне увеличили свой флот до 150 судов и сумели в следующем, 406 году одержать морскую победу над Калликратом у острова Лесбоса близ Матилены. Афиняне, которыми командовал Канон, в сражении потеряли 25, а спартанцы – 77 триер. Однако это была последняя крупная победа флота Афин над морскими силами Спарты.
Решающее морское сражение Пелопоннесской войны состоялось осенью 405 года у берегов Фракии. Под командованием Лисандра находилось 170 кораблей. Его противник Канон имел под своим командованием 180 триер. Стороны имели примерно равные силы, и поэтому исход битвы во многом зависел от искусства древнегреческих флотоводцев.
Афинский флот к началу сражения находился в Эгоспотамах, напротив Лимпсака, где стоял пелопоннесский флот. Лисандр вел постоянное наблюдение за Эгоспотамами и в конце концов дождался удобного момента для атаки. Узнав, что небольшая часть афинских триер отделилась от флота Канона, он приказал спартанским кораблям незамедлительно атаковать противника. Вновь, как и в сражении у мыса Нотий, спартанцам удалось застать афинян врасплох и взять на абордаж почти все их корабли, стоявшие в гавани, экипажи которых в своем большинстве находились на берегу. Спартанцы жестоко расправились с побежденными: все захваченные в плен афиняне были убиты.