Каждый из двух недавних триумвиров стремился установить личную власть в Риме. Помпей возглавлял сторонников сенатской республики, Цезарь – ее противников (огромные завоевания в Галлии принесли ему популярность в Риме). В 49 году сенат, досрочно прекратив наместничество Цезаря, приказал ему распустить армию и возвратиться в Рим в качестве частного лица. Это был прямой вызов полководцу со стороны его врагов – помпеянцев.
В ответ в январе того же года Гай Юлий Цезарь во главе своих легионов пошел на Рим, войсками которого командовал Помпей. Начало междоусобной, гражданской войны в Древнем Риме ознаменовалось тем, что цезарианцы ночью перешли реку Рубикон. Перед этой переправой полководец сказал свои знаменитые слова: «Жребий брошен!» Опытные войска Цезаря начали повсеместно теснить армию Гнея Помпея и всего за два месяца овладели Северной Италией.
Помпей в сражении при Илерде в 49 году потерпел полное поражение и с остатками своих легионов (примерно 25 тысяч человек) и со своими сторонниками – сенаторами отступил из Рима через Бриндизи в Грецию столь поспешно, что даже не успел захватить с собой государственную казну.
Осенью 49 года не покинувшие Рим вместе с Гнеем Помпееем сенаторы торжественно провозгласили Цезаря диктатором. С этого дня он стал фактически монархом. Римской республике пришел конец.
Затем состоялось известное сражение в Фессалии, при Фарсале 9 августа 48 года: Помпей имел под своим командованием 50 тысяч человек, а Цезарь – в два раза меньше. В начале битвы помпеянская конница отбросила конницу противника, но, увлекшись ее преследованием, попала под неожиданный удар легионов Цезаря. После этого ей пришлось обратиться в бегство, увлекая за собой пеших воинов. В этой битве победители потеряли всего 200 человек, а побежденные – 8 тысяч, не считая еще 20 тысяч, сдавшихся в плен.
В первых числах следующего года Помпей едва не уничтожил три легиона цезарианцев в бою при Руспине. В 46 году десять легионов Цезаря одержали победу над превосходящими силами помпеянцев (14 легионов, не считая легкой вспомогательной пехоты, конницы и 100 боевых слонов) у Тапса. Находясь под впечатлением этой победы, римский сенат назначил Гая Юлия Цезаря диктатором Древнего Рима сроком на десять лет.
Последняя битва между Гнеем Помпеем и Юлием Цезарем произошла под Мундой 17 марта 45 года. Цезарь продемонстрировал большое искусство командования своей испытанной в войнах армии. Она нанесла помпеянцам сокрушительное поражение, потеряв всего одну тысячу человек. Гней Помпей, который был ранен в битве, потерял под Мундой 30 тысяч человек, в том числе своих ближайших военачальников – Лабиена и Варрона.