Оставшись без армии, Помпей на корабле бежал в Египет в надежде найти там убежище и возобновить вооруженную борьбу со своим противником. Однако он был убит прямо в лодке своими же приближенными, когда плыл к берегу.
Несмотря на это, Цезарь отправился с частью своей армии из Греции в Египет, чтобы покончить с остатками оказавшихся за морем помпеянских войск. Там ему пришлось сразиться с молодым Птолемеем XII, правившим Египтом вместе со своей сестрой Клеопатрой. Римлянам пришлось выдержать до прибытия подкреплений тяжелую осаду в Александрии, после чего цезарианцы разбили египетскую армию на берегу Нила. В сражении погиб царь Птолемей XII, после чего война в Египте закончилась.
В Египте у Гая Юлия Цезаря начался бурный роман с царицей Клеопатрой. Находясь под влиянием умной и образованной египетской царицы, полководец в 47 году всего за пять дней разгромил непримиримого врага – понтийского царя Фарнака. Юлий Цезарь без ложной скромности отправил в Вечный город лаконичное донесение о еще одной победе римского оружия: «Пришел, увидел, победил».
Гибель Гнея Помпея положила конец гражданской войне в Римской республике, поскольку помпеянцы, деморализованные полным военным разгромом, прекратили сопротивление. В 44 году сенат объявил Цезаря пожизненным диктатором Рима.
Полководец, добившийся диктаторских полномочий в Древнем Риме ценой жизни многих тысяч римских легионеров, внес значительный вклад в развитие военного искусства той древней эпохи. Он отличался дальновидностью и предусмотрительностью при решении стратегических задач как в ходе галльских войн, так и в гражданской войне с Помпеем. Свои легионы он стремился располагать на театре военных действий сосредоточенно, умело создавал превосходство над врагом на нужном направлении.
На поле битвы располагал свою армию в три боевые линии, последняя из которых являлась резервом. Эффективно использовал разведку. После победы организовывал преследование разгромленного противника на большую глубину.
В конце 45 года против него был организован заговор во главе с Марком Юнием Брутом и Гаем Кассием Лонгином. Первому из них диктатор милостиво разрешил остаться у власти после окончания гражданской войны, а второй считался одним из ближайших его соратников.
15 марта 44 года Гай Юлий Цезарь был убит в римском сенате.
Юлий Цезарь был выдающейся личностью своего времени. Пожалуй, лучше всех о диктаторе написал Плутарх:
«Цезарю не пришлось воспользоваться могуществом и властью, к которым он ценой величайших опасностей стремился всю жизнь и которых достиг с таким трудом. Ему достались только имя владыки и слава, принесшая зависть и недоброжелательство граждан».