Священник Джон Аллин остался в городе и отправил много писем знакомым, находящимся на безопасном расстоянии; эти письма приведены в «Неизвестном Лондоне» У. Дж. Белла. 11 августа Аллин писал: «Меня тревожит то, что болезнь подбирается все ближе с каждой неделей; они даже устроили рядом с нами новое кладбище». «Они» — это неведомые представители власти, столь же неопределенной, сколь и могущественной; «они» всегда фигурировали в разговорах и письмах лондонцев. Через тринадцать дней: «Я, Божьей милостью, еще здоров в этой юдоли смерти, а смерть все ближе и ближе: нас разделяют лишь несколько домов, и из окна моей кельи видна постоянно разверстая могила». На следующей неделе, в начале сентября, он описал «унылый и почти непрерывный, почти повсеместный колокольный звон». Только этот звон и нарушал тишину. В том же письме он сообщил, что его брат как-то утром вышел из дому, а возвратившись, обнаружил у себя «затверделость под ухом, которая затем обратилась в опухоль, так и не прорвавшуюся и удушившую его; он умер в ночь на прошлую пятницу». Пять дней спустя Аллин написал о подступающей болезни: «Она у соседей по обе стороны от меня и под одной со мною крышей… В эти три дня видел угольные костры на улицах примерно у каждой 12-й двери, но это не отвратит Божьего гнева». Он явно едва сдерживает волнение. Только в середине сентября дожди немного смягчили палящую жару, однако после наступившего в связи с этим краткого облегчения чума разбушевалась снова.
Джон Аллин рассказывает о шести врачах, которые вскрыли зараженное тело, считая, что нашли средство от болезни — «говорят, что все они умерли, причем почти все перед этим впали в безумие». Шесть дней спустя последовало сообщение о «предсказании одного ребенка, что чума будет усиливаться, покуда не умрет 18 317 человек в неделю». Ребенок умер. Однако количество смертей стало уменьшаться. В последнюю неделю февраля 1666 года были зарегистрированы только 42 летальных исхода, тогда как в сентябре 1665 года умирало более чем по восемь тысяч человек еженедельно.
Книга Дефо рисует Лондон как живое, страдающее существо, а не как «пустой социальный абстракт» из стихотворения У. X. Одена. Лондон терзает «лихорадка», и он «весь в слезах». Его «лик» подвергся «странной перемене», а над его улицами курятся «дым и испарения», точно над потоками зараженной крови. Неясно, то ли Лондон как единый организм болеет оттого, что болеют его обитатели, то ли наоборот. Конечно, условия жизни в столице были опасны для здоровья людей — ему угрожал сам процесс купли-продажи, без которого не обойтись в этом гигантском центре коммерции и торговли: «Каждому приходилось выбираться из дому за продуктами, и это стало одной из главных причин того, что едва не вымер весь город». Люди «падали замертво прямо на рынке», покупая или продавая что-нибудь. Они «вдруг садились и умирали» с зараженными монетами в кармане.