Однако в конце семилетки темпы роста валовой продукции в республике стали сокращаться, что явилось результатом ослабления централизованного руководства отраслями промышленности. Руководство промышленностью через Совет народного хозяйства уже исчерпало себя.
Сентябрьский Пленум ЦК КПСС (1965 года) признал необходимым перейти к отраслевому принципу управления промышленностью, упразднить совнархозы.
Ликвидация Совнархоза происходила организованно. Специально созданная комиссия регулировала денежные взаимоотношения с заказчиками, снабженцами и т. д., решала вопрос о подчиненности предприятий, о кадрах.
На базе Совнархоза ЭССР было создано восемь министерств и десять самостоятельных главков и комитетов. Кроме того, еще до ликвидации Совнархоза из него были выделены в качестве самостоятельных Главное управление строительства, реорганизованное в Министерство строительства, а также Главное управление энергетики, преобразованное в
Главное управление энергетики при Совете Министров ЭССР. Эти мероприятия в какой-то мере упростили работу ликвидационной комиссии (особенно выделение строительного главка со всеми его многочисленными, разбросанными по всей республике строительными объектами). Создание министерств не составляло каких-либо трудностей. Комплектование аппарата министерств также происходило в основном за счет кадров Совнархоза.
С ликвидацией Совнархоза меня назначили заместителем председателя Совмина. Характер работы был тот же: решение тех вопросов промышленности, строительства, коммунального хозяйства, которые не в состоянии были решить соответствующие министерства, и все те оперативные дела, которыми так богата повседневная деятельность Совета Министров.
Сентябрьский Пленум ЦК КПСС (1965 год) значительно расширил права союзных республик в планировании и финансировании местной промышленности. Однако в работе министерств сказывались старые тенденции. Они стремились по различным поводам обращаться в Совет Министров, даже тогда, когда решение вопроса было в их компетенции. И поэтому работа волей-неволей превратилась на первых порах в канцелярскую. На продумывание и решение важных народнохозяйственных проблем оставалось меньше времени. Новым было то, что произведенная реорганизация не означала простого возвращения к тому, что было, полного восстановления старого принципа отраслевого руководства и отказа от принципа территориального руководства. Всесоюзные министерства, не говоря о других, должны были согласовывать свою деятельность с соответствующими территориальными директивными органами. Конкретно это означало, что все капиталовложения, которые союзные министерства намеревались освоить в нашей республике, должны были предварительно согласовываться с Советом Министров ЭССР и Центральным Комитетом КП Эстонии.