31 августа 1559 г. в Вильнюсе был заключен договор между Литвой и магистром Ливонского ордена, а 15 сентября – Рижским архиепископом. Магистр Кеттлер и архиепископ Вильгельм со всеми своими владениями отдавали себя под опеку Сигизмунда-Августа в обмен на его обязательства оборонять своих подопечных от России. Для обеспечения этой обороны Орден передавал Литве свои замки в Бауске, Дюнабурге (Даугавпилсе), Люцине (Лудзе), Розитене (Резекне), а архиепископ – Вилякский и Леневарденский (Лиелвардеский) замки, а также Лубанское и Берзаунское (Берзавненское) поместья. Они сохраняли право по окончании войны выкупить собственные владения соответственно за 600 тыс. и 100 тыс. флоринов (в случае невозобновления войны выкуп не требовался).
Вильнюсский договор 1559 г. фактически провозглашал сюзеренитет Литвы над Ливонией, но сохранял государственность последней. Дворянство Великого княжества Литовского в отношении Ливонии было настроено так же, как польская шляхта – по отношению к Литве. Уже на Вильнюсском сейме к великому князю поступали просьбы: землями в Ливонии наделять лишь литовских подданных. Ответ Сигизмунда-Августа не был однозначным. Он указывал, что земли в Ливонии получены лишь в качестве залога, однако пообещал откликнуться на пожелания подданных Великого княжества. Он согласился, что доходы от заложенных ливонских земель должны поступать в литовскую казну. Так или иначе, Вильнюсский договор усилил расположение литовского дворянства сражаться за Ливонию. Это было сделано очень вовремя, ибо в ноябре 1559 г. военные действия в Ливонии возобновились.
Договор о перемирии между Литвой и Россией позволил до 1562 г. ограничиться лишь ливонским театром военных действий. В конце ноября 1559 г. в Ливонию вошли 1000 литовских наемников для занятия уступленных замков. Ими командовал стольник Иван Ходкевич, прошедший суровую военную школу при дворе Германского императора Карла V. Литовские гарнизоны обосновались в замках Бауски, Дюнабурга, Лудзы, Мариенхаузена, Розитена. /622/ В конце 1559 г. был объявлен всеобщий воинский призыв под знамена великого гетмана Николая Радзивилла Рыжего, и собравшиеся призывники в начале 1560 г. выступили в Ливонию. Войску было приказано не обижать местных жителей (ибо они рассматривались как население собственной, а не вражеской страны). 22 октября 1559 г. Сигизмунд-Август обратился к магистру Ордена и Рижскому архиепископу с просьбой о размещении литовских гарнизонов, и его просьба была удовлетворена. Литовцам удалось согласовать свои действия с ливонцами, а Россия не имела большого военного перевеса.