Что же побудило молодого ученого так резко и неожиданно для родных изменить свой жизненный путь? Действительно, рос он в обстановке индифферентного отношения к религии и был поглощен серьезными научными опытами, а уроки Закона Божия у него вызывали насмешку и даже вражду, однако в глубине души он чувствовал, что есть особая, таинственная область жизни, — и вдруг со всею страстью потянулся к ней. Кризис научного мировоззрения завершился обретением веры в Бога как абсолютную и целостную Истину, на которой должна строиться вся жизнь.
Мысль о познании духовности во всех ее ипостасях вынашивалась им долгие годы — даже в то время, когда он усиленно занимался математикой и физикой. Именно эти науки и привели молодого ученого к признанию формальной возможности теоретических основ общечеловеческого религиозного миросозерцания. Изучая философию и историю, он убеждается: нет множества религий, «а есть одна религия, которая принадлежит всему человечеству, но лишь меняет „свой вид“. Главное в бесчисленных формах религии — „человечность — единственный лозунг, который может быть общим всем людям, который даёт правильное разумение нравственным заповедям и…не ведет к ожесточению и нетерпимости. Вот что должно быть воспитываемо в людях“[5], — писал богослов. Одну из ближайших целей практической деятельности Флоренский сформулировал так: „Произвести синтез церковности и светской науки, воспринять все положительные учения Церкви и научно-философское мировоззрение вместе с искусством…“[6].
Однако Московская духовная академия во многом не удовлетворяла Флоренского, и он упорно продолжает самостоятельные занятия символической логикой, историей философии, археологией, изучает еврейский язык; организует философский кружок, где читает доклады. За проповедь „Вопль крови“, произнесенную в марте 1906-го против смертного приговора П. П. Шмидту, он был заключен в Таганскую тюрьму. Далее трагические события следуют одно за другим: умер отец, так много сделавший для всестороннего развития своего сына; скончался духовник Павла — иеромонах Исидор, „печальник за мир, соль земли“; погиб самый близкий друг Флоренского С. С. Троицкий. Сам Флоренский находился в состоянии „тихого бунта“. Его „Воспоминания“ открывают возможность подойти к пониманию той эпохи: „В том, что случилось со мною, был пережит разрыв мировой истории. Мне вдруг стало ясно, что „время вышло из пазов своих“ и что… кончилось нечто весьма важное не только для меня, но и для истории. Это было ощущение и смертельной тоски, и жгучей боли, и невыносимого сознания, что разрушается то, что строилось величайшими усилиями…“