В перерывах между охотой на перепелов герцог управлял делами своих бесчисленных имений, вершил там суд и раздавал привилегии. По рождению и местоположению владений ему полагалась должность генерал-капитана Андалузского побережья. Когда Дрейк напал на Кадис, герцог обязан был организовать отпор, но опоздал. Осыпаемый насмешками черни и чиновников, оказавшись мишенью эпиграмм и сатир, ходивших по всей Андалузии, Медина-Сидония отправился жаловаться ко двору. Насмешки стали еще ядовитее. Король ободрил его публичным изъявлением полного доверия и добавил, что уважение, которое он питает к герцогу, «обязывает всех остальных столь же чтить его».
Часть Армады снаряжалась на землях герцога, так что ему пришлось заниматься подготовкой галионов и ноу (грузовых судов) в Севилье и Кадисе. Эти хлопоты пришлись не по душе Медине-Сидонии, и он попросил у короля более спокойную должность главного придворного мажордома. Но тут последовали болезнь маркиза Санта-Крус и совершенно секретное письмо короля.
16 февраля Сидония взялся за перо: «Припадаю к стопам его величества, почтившего меня своим вниманием…»
Затем в ответе могущественнейшему на свете королю, предложившему ему возглавить важнейшую для державы операцию, сей гранд Испании, в чьих жилах текла благороднейшая из кровей, написал: «Я не чувствую себя достаточно здоровым для пересечения морей… В редких случаях, когда я поднимался на палубу, меня охватывала морская болезнь, а кроме того, я легко простужаюсь».
Обладатель крупнейшего состояния в богатейшем на земле королевстве, осыпанный неслыханными милостями и привилегиями, человек, чьи достояния и личное имущество превосходили богатства короля, продолжал: «В настоящее время терплю настолько сильную нужду, что должен занимать деньги всякий раз, когда отправляюсь в Мадрид… Мой дом отягощен долгом в 900.000 дукатов, и посему я не в силах потратить ни единого реала на предстоящий поход».
Потомок блестящей плеяды испанских воителей продолжал: «Было бы несправедливым принять столь высокое назначение человеку, не имеющему никакого опыта морских сражений и ведения войн… Нижайше припадаю к стопам вашего величества и прошу освободить меня от высокой чести, коей недостоин, ибо не наделен ни должным знанием, ни здоровьем для мореплавания, ни деньгами для экипировки… Господь да продлит дни вашего величества!»
18-го числа король подписал официальный указ: «Поскольку должность моего генерал-капитана Моря-Океана свободна, а для нее потребно лицо достойное и сведущее в делах ведения войны на суше и на море… зная вашу любовь и усердие на моей службе, я избираю, назначаю, утверждаю и поручаю вам быть моим генерал-капитаном Моря-Океана».