Генерал-капитан Моря-Океана лично командовал десятью галионами и двумя сабрами Португальской эскадры.
Человек, заслуживший титул «первого флотоводца Испании», Хуан Мартинес де Рекальде, кавалер Ордена св. Иакова, был генерал-капитаном Бискайской эскадры (десять кораблей и четыре паташа). Его флаг развевался на мачте флагманского корабля «Санта-Ана». Рекальде был генерал-капитаном уже шестнадцать лет, служил в Вест-Индии, командовал «Золотыми флотами», был правой рукой Санта-Круса; храбрость и отвага снискали ему прозвище Львиное Сердце.
Четырнадцать галионов и нао Кастильской эскадры находились под началом Диего Флореса де Вальдеса. За плечами у него было два десятилетия плаваний через Атлантику, репутация блестящего знатока навигации и судостроения; однако он слыл человеком тщеславным, завистливым и сварливым. На флоте его боялись и ненавидели. Филипп назначил его начальником штаба герцога. (Назначение осталось непонятным и современникам и историкам. Если Медина-Сидония был не способен командовать, то никто не желал подчиняться Диего Флоресу.) Он перешел на «Сан-Мартин» и оставался там до конца кампании.
Дон Педро де Вальдес, двоюродный брат Диего Флореса и его злейший враг, был генерал-капитаном Андалузской эскадры (десять боевых кораблей и один паташ). Кавалер Ордена св. Иакова, он тоже водил через океан «Серебряные флоты», сражался в Португалии, на Азорах и при Ферроле, где был тяжело ранен. Во время снаряжения Армады был самым горячим сторонником дальнобойной артиллерии. (Дело в том, что сыскалось немало командиров, ратовавших за прежнюю тактику абордажа, в которой испанцы не знали себе равных.)
Десять кораблей Гипускоанской эскадры с двумя паташами подчинялись дону Мигелю де Окендо. Дон Мигель, по прозвищу Гордость Армады, был бесстрашным воителем, славным героем, о подвигах которого ходили рассказы во всех портах империи. Он числился самым сведущим мореплавателем после Рекальде.
Дон Мартин де Бертендона, расчетливый и дерзкий в нападении, командовал десятью крепкими кораблями Левантийской эскадры, куда входили суда, снаряженные в Барселоне и портах Италии. Среди них выделялась «Рата Санта-Мария Энкоронада» – генуэзская каракка водоизмещением 820 тонн, которая несла 35 орудий, 335 солдат и 84 матроса. На ней отплыл дон Алонсо де Лейва со своими братьями и отпрысками благороднейших семей Испании. Дон Алонсо был назначен командовать войсками десанта во время баталии.
Провиант, боеприпасы, полевая артиллерия, походное снаряжение, осадные орудия, телеги и мулы, лошади и конюхи были погружены на двадцать пять гукоров – небольших, наспех и кое-как вооруженных купеческих судов. Командовать этой малопочетной эскадрой выпало Хуану Гомесу де Медине.