Однако не только закладкой и строительством новых храмов отметил Василий III рождение сына.
Уже через несколько месяцев он решил окончательно расправиться со своими давними врагами — противниками женитьбы его на Елене Глинской — Вассианом Патрикеевым и Максимом Греком. Пока не родился наследник, невозможно было с полным сознанием правоты преследовать противников нового брака. Рождение сына дало Василию III уверенность и силу сокрушить своих врагов, чтобы никому не повадно было усомниться в законности права на престол новорожденного.
В мае 1531 года начался церковный собор — суд над бывшим любимцем Василия III Вассианом Патрикеевым, а вслед за ним новый собор — над Максимом Греком. Как и на процессе Берсеня Беклемишева и на первом суде над Максимом Греком, в вину Вассиану Патрикееву не было открыто поставлено его выступление против новой женитьбы царя. Опять судились не поступки, не нарушения закона, а мысли, «мнения», вольнодумство.
Составитель «Выписи», однако, прямо указывает причину опалы Патрикеева, передавая подробно, как Вассиан пытался отговорить великого князя от развода и новой женитьбы. За брак, скрепленный церковью, Патрикеев выступал не как консерватор («аще Бог сочетает, человек да не разлучает»), не признающий за человеком права нарушить установление. Он отстаивал не обычай, а неприкосновенность высшего нравственного закона, которому подчиняются все люди, — независимо от того места, какое они занимают на общественно-социальной лестнице: и царь, и боярин, и простой крестьянин.
Не закон должен подчиняться власти, а власть, пусть даже самая высокая — царская, должна подчиняться закону — в этом состоит смысл борьбы Патрикеева и его единомышленников. Великий князь «исполнися ярости и гнева на старца» Патрикеева. Он совещается с митрополитом Даниилом и составляет «словесы преложения вины его»: и вот уже «архимарит» Иона выполняет роль доносчика и пишет великому князю, что Патрикеев вместе с Максимом Греком и Саввой «трие совокуплены во единомыслие и толкуют книги, и низводят словеса по своему изволению... и творят укоризну царствию твоему».
В своем доносе Иона предварял решение церковного суда: «отлучити их от церкви подобает и в заточение отослати».
На суде Вассиан был обвинен в церковной ереси, в порче святой «Кормчей книги», которую он переводил и куда внес свои поправки «нестяжателя» (как мы помним, перевод этот был сделан Патрикеевым более десяти лет назад, и вот только теперь подошло время нести за него ответ). Главное обвинение было сформулировано так: «Писал еси во своих правилах: инокам жити по Евангелию, сел не держати, не владети ими. Ино то еси божественное писание и священная правила оболгал».