Одновременно ВВС переходили на новую структуру. Место эскадрилий и бригад заняли полки и дивизии. Тяжелобомбардировочный полк, сохранявший на вооружении ТБ-3, включал четыре эскадрильи и по штату имел 49 самолётов. Фактически бывшие бригады переформировывались в полки. Так 19-ю ТБАБ превратили в 8-й тяжелобомбардировочный полк (ТБАП). Вместе с тем, количество туполевских четырёхмоторников в составе ВВС РККА было ещё весьма значительным. Так, по состоянию на 1 января 1938 г. только исправных машин разных модификаций имелось 626. Из них 53 ТБ-3 находилось в АОН-1, 41 — в АОН-2, 97 — в АОН-3, 42 — в ВВС ОКДВА, 70 — в Забайкальском округе, 99 — в Ленинградском, 142 — в Белорусском, 57 — в Киевском, 12 — в различных школах и училищах, 13 — в частях центрального подчинения (в число которых, в частности, входил НИИ ВВС), плюс 64 — в морской авиации. Более половины из них имели моторы М-17, а остальные примерно поровну делились на машины с М-34, М-34Р и М-34РН. Состояние техники старых выпусков внушало тревогу. В марте 1938 г. комдив Локтионов в своем докладе говорил: «Качественное состояние старых типов самолетов, в особенности по самолетам ТБЗ-М17… неудовлетворительное. Самолеты… выпуска 1932-33 г.г. сильно изношены, запасных частей недостает и на 40 % они требуют капитального ремонта».
Машины ранних выпусков постепенно начали передавать в транспортные эскадрильи и отряды. По мере наращивания выпуска ДБ-3 этот процесс шёл все быстрее. В первую очередь это касалось армий особого назначения. К маю 1939 г. в АОН-1 ТБ-3 уже составляли только около 15 % парка тяжелых и дальних бомбардировщиков, в АОН-2 — ещё меньше, около 10 %. В перевооружаемых частях появились излишние ТБ-3, которые хотели кому-нибудь сдать. Так, в ноябре 1939 г. штаб АОН-3 бомбардировал УВВС письмами — куда девать «ненужные 46 самолетов». Всего в том году четыре бывших тяжелобомбардировочных полка переходили на ДБ-3 и два — на СБ. На 1 мая обеспеченность ВВС исправными ТБ-3 оценивалась в 144 %. На 19 сентября в ВВС оставалось 578 машин, в то время как по плану хотели иметь всего 303. УВВС давало указания: «Самолеты ТБ-3 всех модификаций после укомплектования 1 тб полка (Ростов н/Дону) и трех тб эскадрилий 1 и 2 ОКА использовать как транспортные самолеты в округах».
Так и делали. Четырехмоторные гиганты стали «извозчиками». Возили запчасти, боеприпасы, продовольствие и людей. Тяжелобомбардировочные части и раньше привлекали к грузовым перевозкам, особенно в Забайкалье и на Дальнем Востоке. Одна только 29-я ТБАБ за 1938 г. перевезла 570 человек и 136,4 т грузов. Теперь ТБ-3 раздавали по одному-два самолета в разные авиаполки для оперативной переброски различного имущества.