Сразу после смерти Генриха IV город послал своих представителей на гугенотскую ассамблею в Сомюре (1611), где гугеноты предъявили новые требования, противопоставив себя всей нации. На следующий год из Ла-Рошели был изгнан посланец короля. Тем самым гугеноты выразили свое недовольство только что заключенным браком между Людовиком XIII и Анной Австрийской. Они заявили, что продолжат борьбу с «римским чудовищем», то есть с католической церковью. Городские власти присваивали себе налоги и незаконно взимали таможенные пошлины. Гавань Ла-Рошели стала базой пиратских судов, опустошавших побережье Франции и нападавших даже на королевские суда. Дело дошло до того, что пираты блокировали порт Бордо, так что пришлось посылать королевский флот, которому с трудом удалось разгромить их. Капитаны пиратских кораблей были колесованы, — гугеноты объявили их мучениками. В 1620 году в Ла-Рошели снова собралась гугенотская ассамблея, которая рассмотрела вопрос о союзе с протестантскими князьями Германии. В следующем году королевский флот нанес поражение гугенотскому флоту, но в Ла-Рошели быстро забыли об этом. Не прошло и года, как в гавани Ла-Рошели появились тридцать два корабля, сооруженные гугенотами. Их восторженно приветствовала толпа горожан, собравшаяся на набережной. Командующий флотом Гитон стал любимцем горожан.
В 1622 году религиозная война вспыхнула вновь. Армия Субиза, брата де Роана, вторглась в провинции Бретань и Пуату — именно тогда был разрушен дом Ришелье в Люсоне, — но армия под командованием короля нанесла Субизу поражение, и он вынужден был бежать в Англию. В конце года был заключен мир, по которому у гугенотов оставались только две крепости: Ла-Рошель и Монтабан, — все остальные крепости подлежали разрушению.
В ходе войны 1622 года королевские войска построили форт Луи в непосредственной близости от стен Ла-Рошели. Городские власти потребовали разрушения форта, мотивируя это тем, что они лояльны по отношению к французской короне и незачем держать их в страхе. Один из французских военачальников, храбрый Арно, умерший в 1623 году, по-видимому из-за болезни, перенесенной им во время строительства форта Луи, говорил, что только мятежники могут возражать против королевского форта. Он был убежден, что Ла-Рошель рано или поздно поднимет восстание.
После Арно фортом командовал Туара, еще один фаворит Людовика XIII, как и Люинь, мастер соколиной охоты. Он был очень талантливым военачальником, но почему-то Ришелье плохо отзывается о нем в своих мемуарах. Возможно, это потому, что тот не видел разницы между своим карманом и государственной казной. Но кто этого не делал в те времена? Туара получил маршальский титул, храбро сражался и погиб во время второй итальянской войны.