Вечером патологоанатом Лука Лалли произвел вскрытие трупа Мередит. Позже он утверждал, что были обнаружены свидетельства «вероятной» сексуальной связи до момента смерти, но что девушка «не была изнасилована». Его сообщение помогло пресечь слухи об изнасиловании, которые уже начали попадать на страницы итальянских газет. Лалли также сказал, что, вероятнее всего, орудием убийства был перочинный нож.
После вскрытия итальянская пресса сообщила о том, что сонная артерия Мередит не была перерезана, а это означает, что смерть ее, по всей видимости, была довольно долгой и мучительной – она задыхалась и захлебывалась собственной кровью. Из заявлений патологоанатома и в результате утечки информации стало известно, что девушку душили и на ее обнаженном теле обнаружено 47 порезов и синяков. Говорили также, что полиция не исключает, что Мередит защищалась от сексуального насилия и окно было разбито намеренно, чтобы запутать следы. Таинственности происшествию придавало и сообщение о том, что 2 ноября Аманду Нокс видели в прачечной на виа Фабретти с чернокожим мужчиной из Северной Африки. Там она стирала одежду, и многие стали задумываться над тем, что это может означать.
В начале расследования полицию очень заинтересовали особенности ран, нанесенных убийцей Мередит; эти подробности долго скрывали от прессы. Позже стало известно, что Мередит нанесли три глубокие раны ножом, которые, вероятнее всего, и послужили причиной смерти; но кроме того на ее теле было множество мелких царапин и ран. Это могло означать, что ее пытали или совершали какие-то сексуальные действия с садистским уклоном. Вполне возможно, что смерть стала итогом какой-то сексуальной игры, вышедшей из-под контроля вследствие того, что жертва не желала принимать в ней участия.
В любом деле особой важности, а убийство Мередит Керчер определенно подходило под эту категорию, полиция обычно неоднократно допрашивает всех причастных к нему, свидетелей и подозреваемых, и сопоставляет их ответы, чтобы не упустить ни одной важной детали. Расследование убийства Мередит Керчер отличалось от других подобных случаев разве что более тщательными допросами и тем, что противоречия в показаниях свидетелей заставили несколько раз изменить предположения о том, что же произошло с Мередит в последние часы ее жизни.
Обычно Аманда Нокс переписывалась со своей матерью, сорокашестилетней Эддой Меллас из Сиэтла, по электронной почте. Но 2 ноября, несмотря на девятичасовую разницу во времени между Перуджей и Сиэтлом, Аманда позвонила матери, разбудив ее, рано утром и рассказала, что провела ночь в доме Рафаэля Соллечито и только что вернулась, чтобы принять душ, но обнаружила в доме беспорядок. Она сказала матери, что дверь в квартиру была открыта, а внутри тоже она заметила следы – например, она упомянула о том, что кого-то вырвало в унитаз. Но долго Аманда разговаривать не стала, сообщив матери, что сейчас же собирается вернуться к Соллечито. В этом разговоре странно то, что Аманда сначала вернулась домой, чтобы принять душ, а потом тут же пошла обратно к Соллечито и сразу же вернулась с ним на виллу. Позже в разговоре с полицейскими Аманда добавила, что заметила капли крови в ванной.