Окончательное выяснение отношений между роялистами и республиканцами было неизбежно и должно было произойти в самое ближайшее время, но Миранда никак не мог решить, стоит ли ему принимать в этом участие. Когда правительство ночью направило полторы тысячи солдат против активистов-радикалов, собравшихся в одном из театров 4 октября в два часа ночи, революционные газеты возвестили, что именно Миранда несет ответственность за это беззаконие. Вендимария и Наполеон приложили немало сил, чтобы усмирить бунтовщиков. Миранду назвали одним из основных заговорщиков. Он затаился и выжидал. Затем объявился и заявил, что не имеет ни малейшего отношения к происшедшим событиям.
Его арестовали и приказали немедленно покинуть Францию, но исполнение этого приказа было отложено. Миранда оставался на свободе, но теперь за ним неотступно следовал жандарм. Однажды Миранде все-таки удалось обмануть своего сторожа. Он сбежал из-под ареста, спрятался у друзей и начал слать в газеты письма, в которых защищал себя и обвинял своих врагов. В конце концов Миранда получил официальное разрешение остаться во Франции. И по-прежнему активно участвовал в политических интригах и по-прежнему выступал со своей либеральной, антиэкстремистской и антимонархической программой.
В сентябре 1797 года правительство подавило еще один монархистский заговор. В числе его организаторов опять был назван Миранда. Пришлось ему снова скрываться, поскольку полиции было приказано задержать «перуанского генерала», если он еще не уехал в Афины. Миранда окончательно разочаровался во Французской революции. Опасаясь вновь оказаться в тюрьме и еще больше опасаясь альянса Франции и Испании, он решил уехать в Британию.
На прощание Миранда страстно поцеловал Дельфину, надел парик, зеленые очки и, как обыкновенный купчишка, отправился на лошадях в Кале. В январе 1798 года на датском корабле он прибыл в Дувр. Там на таможне в чемодане Миранды было обнаружено двойное дно, где были спрятаны какие-то бумаги. Но все уладилось. Миранде вернули его бумаги, и он отправился в Лондон.
По прибытии в Англию Миранда был вызван в загородную резиденцию Уильяма Питта в Кенте. Там он доложил Питту о ситуации во Франции и вновь просил помощи в деле освобождения Южной Америки от Испании. Возвратившись в Лондон, начал работу по созданию собственной организации в Южной Америке и Европе.
Жизненный опыт, приобретенный Мирандой во Франции, сильно изменил его. Там он стал генералом, там его дважды чуть было не лишили жизни. Дилетант превратился в решительного, активного политика. С удивлением Миранда узнал, что с его старого наставника Хуана Мануэля де Кахигаля сняты всяческие обвинения, что сам он больше не преследуется испанскими властями. А значит, он может вернуться домой.