Не сыгравшие практически никакой существенной роли в боях 1940 г., самолеты семейства Амио 350 тем не менее послужили в годы войны. Правительству Виши, управлявшему неоккупированной частью Франции после перемирия в июле 1940 г., потребовался дальний скоростной курьерский самолет, способный связать Францию со столь отдаленными колониями, как Сенегал и Мадагаскар. В 1939 г. Амио 370 наглядно продемонстрировал такую возможность и появились шансы использовать и его, и часть бомбардировщиков "Амио" подобным образом. С разрешения германской и итальянской наблюдательных комиссий в апреле 1941 г. Феликс Амио получил заказ, выполненный предприятием в Марселе. Амио 370 с обозначением F-AREU быстро подготовили к эксплуатации. Он имел экипаж из трех человек, новое радионавигационное оборудование и моторы Испано-Сюиза 12Xgrsl /Xhrsl. В ночь с 22 на 23 июля 1941 г. Амио 340 вылетел с аэродрома Мариньян под Марселем. Им управлял шеф-пилот "Эр Франс" Гастон Дюрмон. Самолет долетел до Джибути (через Афины), покрыв расстояние 5500 км за 16 часов» Таким образом, Амио 370 вновь вернулся на службу.
Следующим вновь попал в эксплуатацию Амио 356 с "Мерлинами", получивший обозначение F-BAGP и дополнительный бензобак на 2553 л в бомбоотсеке. Самолету также вернули первоначальное однокилевое оперение. При пустом весе 7032 кг и взлетном 12800 кг он перевозил 1600 кг груза на расстояние 8000 км при крейсерской скорости 385 км/ч. Для "Эр Франс" готовились еще три Амио 351 с обозначениями F-BAGQ, F-BAGS и F-BAGT, но судьба повернулась к ним спиной. F-BAGQ (по непонятным причинам переименованный в Амио 354) совершил свой первый и единственный перелет в Сенегал в мае 1942 г. При посадке в Дакаре он получил серьезные повреждения и смог подняться в воздух только четыре года спустя. Два других не совершили ни одного рейса за рубеж. По крайней мере один из них пустили на запасные части. Амио 356 во время своего четвертого перелета 27 января 1942 г. подломил шасси в Афинах. Этот же аэродром стал камнем преткновения для F-AREU в его седьмом рейсе, 13 марта 1942 г.. До августа эти две машины не могли вернуться во Францию.
Еще два Амио 354 извлекли из консервации в Клермон-Ферране. В июле 1942 г. завод SNCASE в Мариньяне начал переделку их под моторы "Мерлин", т.е. в тип 356. Необходимые двигатели нашлись на предприятии "Ателье ин- дустриель де'ль эр" в Касабланке. Однако, эти работы не завершили, поскольку оставшуюся часть Франции в ноябре 1942 г. оккупировали немцы. Незадолго до этого поднялся в воздух еще один самолет Амио 354, переделанный заводом AIA в Ольнате в персональную машину для высших правительственных чиновников. Он эксплуатировался с августа 1942 г. до аварии на посадке 20 октября.