Эта вилла была учебным заведением иезуитов и хранила впечатляющее собрание древних рукописей из библиотеки Римской коллегии. В 1870 году иезуиты, опасаясь, что солдаты Витторио Эмануэле могут разграбить библиотеку и продать ценные рукописи за гроши, перевезли коллекцию на виллу Мандрагона во Фраскати, расположенную к северу от Рима. Именно там Войнич обнаружил манускрипт, копаясь в одном старинном сундуке. Иезуитам требовалось много денег для реставрации ветхого строения, и братья предложили пронырливым продавцам книг из Лондона сундуки, доверху заполненные пожелтевшими манускриптами. Войнич приобрел 30 старинных томов, а иезуиты, считавшие себя хитрыми, так и не узнали, что за сокровище они передали в руки Вильфрида.
Необычный разноцветный пергамент в тяжелом темнокоричневом, покрытым матовым лаком сундуке сразу бросился в глаза Вильфриду Войничу, антиквару, постоянно имевшему дело с огромным количеством древних текстов. Но действительно его удивило письмо, которое он нашел. Оно было вложено между обложкой и первой страницей. Это послание, сочиненное на латыни, было написано неким Иоханнесом Маркусом Марци из Кронланда (Johannes Marcus Marci de Kronland) в Праге и датировалось 19 августа 1666 года. Оно было адресовано его другу Атанасиусу Кирхеру (Athanasius Kircher). В нем Марци писал, что посылает произведение, которое никто не смог прочитать. Если кто и в состоянии расшифровать текст, писал он, так это Атанасиус. На оригинале манускрипта Марци написал:
Доктор Рафаэль, домашний учитель по богемскому языку Фердинанда III, ставшего впоследствии королем Богемии, рассказал мне, что упомянутая книга принадлежала императору Рудольфу. Он заплатил торговцу, который принес ему эту книгу, 600 дукатов. Он полагал, что автором был Роджер Бэкон, англичанин [4].
С этого момента история начинает обрастать загадками.
Император Рудольф II, коронованный в 1576 году, был меланхоликом, страдавшим от неуверенности в себе и верившим звездочетам и колдунам. Он даже одаривал их деньгами. В то время Прага, где правил Рудольф, была центром активной деятельности тайных обществ, алхимиков и оккультистов. Прага представляла собой город голема, город, где Апокалипсис («тайное откровение», о котором говорится в четырех Евангелиях Нового Завета) был часто обсуждаемой темой дня. Книга привлекла внимание Рудольфа II. К сожалению, в своем письме к Атанасиусу Марци также заметил, что, по мнению императора, манускрипт был написан Роджером Бэконом.