Флотом по-прежнему распоряжались некомпетентные и своевольные матросские комитеты. Правда, на корабли позволили вернуться некоторым уцелевшим офицерам. Был даже назначен командующий – капитан второго ранга Мигель де Буиса, единственный родовитый моряк, оставшийся верным Республике. Но ему официально «помогали» (т.е. постоянно вмешивались во все действия) комитеты, не несшие ответственности перед правительством. Командование Буисы было марионеточным. Члены экипажей отличались храбростью, но подготовка их по-прежнему оставляла желать лучшего, а единственный линейный корабль был лишь наскоро отремонтирован.
Правда, такой флот во главе с линкором «Хайме I» и крейсерами избежал печальной участи «Непобедимой Армады» 1588 года. Он проделал маршрут в 1500 километров, половина которого пролегала во враждебных водах, благополучно добрался до пунктов назначения – Сантандера и Бильбао. Моряки доставили плохо оснащенным защитникам Севера 3000 единиц оружия. Крейсеры и линкор в ряде мест обстреляли побережье, занятое мятежниками. Эсминцы уничтожили выставленные восставшими минные заграждения, и подступы к Бильбао, Сантандеру и Хихону на несколько месяцев стали безопасными. Операция нанесла восставшим некоторый урон и оказала баскам и астурий-цам весомую моральную помощь. Но мятежники не приминули воспользоваться уходом флота на север.
Не уверенные в собственных, в спешке набранных матросах, восставшие не рискнули сразиться с главными силами и довольствовались нападением на слабейшие отряды.
19 сентября эсминец «Веласко» потопил у Эль-Ферроля республиканскую подводную лодку с неисправным механизмом. 29 сентября крейсеры восставших – старый «Альмиранте Сервера» и новый «Канариас» вошли в Гибралтарский пролив и напали на дежурившие там эсминцы неприятеля. Те были застигнуты врасплох неожиданным ударом превосходящих сил. В неравном бою республиканский «Фернандес», вышедший в торпедную атаку на «Канариас», был потоплен. А его собрата «Грави-ну», несколько часов отстреливавшегося от «Серверы», крейсер подбил, отрезал от базы и вынудил укрыться в нейтральной Касабланке. (Впрочем, после ремонта «Гравина» сумел дойти до Картахены.)
У берегов Марокко и Андалузии после этого боя доминирующую позицию заняли малочисленные, но грамотно руководимые адмиралом Виерной морские силы восставших.
Методом проб и ошибок республиканские моряки установили, что базироваться в незащищенных с воздуха и плохо оборудованных северных портах чрезвычайно неудобно и рискованно. К тому же у республиканского флота появилась новая серьезная задача – прикрытие военных перевозок из СССР. Морское министерство радиошифровкой предписало Буисе следовать обратно в хорошо укрепленную Картахену, что и было выполнено к 14 октября. В Бискайском заливе Буиса оставил два эсминца и три подводные лодки.