Одновременно, в Пакте указывалось, что он сохраняет силу в течение пяти лет, и что если ни одна из договаривающихся сторон не денонсирует его за год до истечения срока, он будет считаться автоматически продленным на следующие пять лет.
Однако с самого начала Пакт о нейтралитете со стороны Японии фактически не соблюдался. После нападения Германии на Советский Союз, Япония действовала в нарушение принятых на себя по Пакту обязательств оставаться нейтральной: активно помогала Германии (поставляла стратегическое сырье, предоставляла разведданные о Советском Союзе), систематически нарушала государственную -воздушную и сухопутную - границу СССР, держала у советских границ Квантунскую армию численностью более миллиона человек, препятсвовала морскому судоходству (захватив и потопив более 150 судов), совершала другие враждебные действия.
Подобное негативное отношение Японии к своим обязательствам по Пакту о нейтралитете проявилось уже через два месяца после его подписания, когда японский министр иностранных дел Мацуока в беседе с советским послом 25 июня 1941 г., заявил о вторичности для Японии Пакта о нейтралитете по сравнению с ее обязательствами по Тройственному пакту с Германией и Италией (ранее то же самое было заявлено министру иностранных дел Германии Риббентропу).
В приговоре Токийского военного трибунала (который Япония также официально признала в Сан-Франциском договоре) в этой связи было специально оговорено, что "Япония заключила Пакт о нейтралитете неискренне и, будучи далеко не нейтральной, какой она должна была быть в соответсвии с ним, оказывала значительную помощь Германии, продолжая активную подготовку к войне против Советского Союза".
Именно поэтому в заявлении СССР о денонсации Пакта о нейтралитете от 5 апреля 1945 г., в частности, говорилось: "обстановка изменилась в корне... Япония, союзница Германии, помогает последней в ее войне против СССР. Кроме того, Япония воюет с США и Англией, которые являются союзниками Советского Союэа".
Как известно, международное право традиционно содержит положение о том, что "существенное нарушение двустороннего договора одним из его участников дает право другому участнику ссылаться на это нарушение как на основание для прекращения договора или приостановления договора" (см. пар. 1 ст. 60 Венской конвенции о праве международных договоров 1969 г.).
Следовательно, ссылки Японии на то, что, поскольку, Советский Союз объявил о денонсации Пакта о нейтралитете в апреле 1945 г., он должен был оставаться в силе еще год (до 25 апреля 1946 г.), являются неправомерными: Пакт фактически утратил свою силу намного раньше апреля 1945 г. и лишь формально сохранял значение обязательного юридического документа до того момента, когда какая-либо из сторон не заявила бы о его денонсации.