Российские власти столкнулись с тем, что горные тейпы настроены более воинственно, чем равнинные. Шамиль был вождем равнинного братства Накшбандийа, и после капитуляции все его сторонники последовали его примеру. Но его авторитет распространялся лишь на небольшой участок гор, где бал правило другое братство — Кадирийа; тейпы, относившиеся к нему, отказались следовать примеру Шамиля и продолжили партизанские действия. Чтобы подавить это сопротивление, русские власти решили добиться оттока оттуда населения, поджигая селения, леса, тем самым делая регион непригодным для жизни. Горцев также оттесняли на равнины, где они сталкивались с колонистами-казаками, которых наделяли самыми плодородными землями.
В мае 1860 г. в Аргунском ущелье вспыхнуло восстание, ускоренное распоряжениями по перемещению населения. Последовала классическая череда мятежей и репрессий, и хотя более года спустя восстание подавили, мир оставался обманчивым. Новый духовный вождь объединил горцев: знамя ислама от имени тариката Кадирийа развернул Кунта-Хаджи. Братство организовывалось, множило сторонников, утверждалось во все новых селениях, создавало настоящую подпольную власть. Российские власти, которые в 1859 г. полагали, что дело сделано, встревожило это движение, привлекавшее все больше горцев, и они решили предупредить взрыв.
В январе 1864 г. наступила очередь Кунта-Хаджи подвергнуться аресту и отправиться в крепость в центре России. Этот арест не принес мир, а спровоцировал локальные стычки, которые из года в год становились все чаще. И все же, народы Кавказа ослабляли, а спорадическим вспышкам не давали перерасти в тотальную войну, с одной стороны, несогласие между собой, с другой — соблазн бежать в Османскую империю. Последний выход выбрали множество черкесов, чеченцев, абхазов и кабардинцев. Эти волны беженцев, сокращавшие население, сами по себе были источником горечи и слабости. Но беженцы в Османской империи создавали настоящие антирусские движения, с которыми еще предстоит столкнуться во время новой конфронтации России и Высокой Порты.
Пушкин мечтал о покорении Кавказа. Да, его разгромили и утвердились там в первые годы правления Александра II. Но он ни в коем случае не покорился. И война на измор стала тяжким бременем для российской казны, и так опустошенной Крымской войной. Монарху повезло в том, что в эти годы взоры его соотечественников и иностранных наблюдателей были устремлены на готовящиеся или уже начатые реформы. Кавказская война осталась в памяти эффектной капитуляцией Шамиля, а не отдельными малоизвестными мятежами, и прежде всего образом монарха, торжествовавшего победу над сильным противником, т. е. образом восстановленного могущества. И это могущество было тем более ощутимо, что Россия в то же самое время, несмотря на возобновлявшиеся на Кавказе боевые действия, за несколько лет создала новую империю на мусульманских землях, в степи и Туркестане.