Удивление Александра II было понятно. Многие российские правители приняли насильственную смерть в прошлом, однако они пали жертвой дворцовых заговоров. Никогда до 1866 г. простой подданный не осмеливался покуситься на их жизнь. Если бы нападавший был выходцем из Польши, попытка покушения была бы понята в соответствии с тем, что о поляках всегда думали как о романтиках — непоследовательных, необузданных, чуждых всякому чувству верности по отношению к русскому императору. Они не были подданными в истинном смысле этого слова, и подобное деяние, совершенное поляком, поэтому не вызвало бы большого удивления: напротив, это утверждало российского самодержца в мысли, что поляки заслуживали той судьбы, которая выпала на их долю. Однако, совершенный русским подданным, этот поступок был немыслим, если только его совершил не сумасшедший, поэтому велико было искушение объявить Каракозова психически неуравновешенным или даже безумным. Тем не менее именно император был против такого объяснения произошедшего, полагая, что должно свершиться правосудие. Каракозов и члены выданной им в конечном счете группы, к которой принадлежал и он сам, были посажены в Петропавловскую крепость, являвшуюся традиционным местом заключения для государственных преступников, находившихся под следствием. Позднее, 1 октября, Каракозов был приговорен к казни через повешение. Его товарищу Ишутину был вынесен тот же приговор, но судьба их была различной: Каракозов обратился с просьбой о помиловании, на что император ему ответил, что как христианин он его, безусловно, прощает, но, будучи также и самодержцем, он не может избавить его от наказания: Каракозов был повешен 3 октября на глазах у толпы; Ишутин же, осужденный как сообщник, который тем не менее не стрелял, узнал, уже стоя на эшафоте, что в качестве наказания ему была определена пожизненная ссылка и принудительные работы.
Преступнику, сбитому с толку интеллигенту, каковым являлся Каракозов, противопоставлялась символическая фигура человека из народа, беззаветно преданного престолу. Того, кто отвел выстрел Каракозова, звали Осип Комиссаров, по официальным данным происходивший из крестьянской семьи Костромской губернии. На самом деле он был бедным ремесленником, но, наделяя его крестьянским происхождением, легенда, сложившаяся вокруг личности случайного избавителя, подчеркивала политическое значение преступного акта, который должен был оборвать жизнь императора. Стрелявшим был представитель интеллигенции, спас же Александра II — выходец из крестьянского сословия, получившего свободу от монарха. Более того, последний был родом из Костромы и его поступок был тем более символичен (на что впоследствии неоднократно указывалось), что в 1613 г. другой костромской крестьянин, Иван Сусанин, спас родоначальника династии Романовых, Михаила, от искавших его польско-литовских войск и заплатил за этот подвиг своей жизнью. Новый Сусанин был пожалован дворянством, получив имя Комиссарова-Костромского, и везде чествовался как спаситель династии. На самом деле подобное мифотворчество было призвано стереть из памяти беспощадные слова Каракозова, обвинявшего Александра II в том, что тот предал крестьян, даровав им лишь видимость свободы.