До 1861 г. Чернышевский разделял взгляды, характерные для подавляющего большинства интеллигенции, о необходимости проведения крестьянской реформы, но как только она была реализована, заявил, что она принципиальным образом не изменила ни положение крестьян, ни политическую систему России, и с этих пор «Современник» его усилиями превратился в орган радикальной пропаганды. Чернышевский придал ему направление мысли, чуждое терпимости, которое разделяли как он сам, так и все нигилисты, участвовавшие в дебатах о «полезности» и не признававшие никаких других идей, кроме собственных. Эта нетерпимость привела его к постепенному разрыву с писателями, которые в конце концов от него отвернулись: первыми это сделали Тургенев и Толстой, которые не смогли принять мысль о том, что во имя политического проекта, можно отречься от литературы, искусства и всего того, что составляло мир культуры.
По поводу Чернышевского и Добролюбова Тургенев писал: «Эти господа являются Робеспьерами в литературе. Они, не раздумывая ни секунды, отрубили бы голову поэту Андре Шенье». А Чернышевский, говоря о столь утонченных русских писателях, признавался, что «своими пустыми и бесполезными рассуждениями» они лишь «нагоняли на него сон». Однако не менее жестоко он критиковал Герцена, которого обвинял в том, что тот лелеял беспочвенные мечты о реформах, уповая на мнимое мессианское предназначение России, и заключал свою обвинительную речь следующими словами: «Только крестьянский топор может нас спасти». Статьи Чернышевского, становившиеся все более резкими, все более нетерпимыми по отношению к России, но при этом отсылавшие читателя к примерам из зарубежной истории (особенно вдохновлял автора итальянский Рисорджименто), воспринимались просвещенной частью русского общества с большим интересом, если не сказать с восторгом. Тот факт, что «Современник» в 1860-е гг. выходил все увеличивавшимися тиражами, свидетельствовал о растущей популярности идей, излагаемых на его страницах. Журнал читали даже при дворе. Стоит ли удивляться, что, несмотря на меры предосторожности, принимаемые автором с целью избежать цензорских купюр, его статьи скоро были признаны недопустимыми? В 1862 г. Чернышевский опубликовал настоящий манифест, озаглавленный «Барским крестьянам от их доброжелателей», в котором объяснял, что дарованное им освобождение было обманом, и призывал одураченных крестьян организовывать тайные собрания, объединяться с государственными крестьянами и солдатами и готовить во главе с ним, Чернышевским, всеобщее восстание. Это было уже чересчур — его арестовали. Сначала он, как и было положено, содержался в Петропавловской крепости, из стен которой в 1864 г. вышла его книга «Что делать?», ставшая библией для целого поколения и позднее послужившая источником вдохновения для Ленина.