Вернувшись в Варшаву, успешно выполнив миссии, умножившие его авторитет, он провел переговоры с национальным правительством, которое решило сложить с себя полномочия, передав ему всю полноту диктаторской власти. Его первой заботой было заставить замолчать несогласных, чтобы продемонстрировать, наконец, России образ единого польского национального движения. Замечательный организатор, он задумывался о созыве польского народного ополчения, чтобы располагать настоящей освободительной армией. Хотя это ему не удалось, он тем не менее добился материальной помощи от поляков, эмигрировавших из страны. И, несмотря на состояние войны, прилагал все усилия к проведению реформ в деревне.
В эти месяцы, столь насыщенные событиями, подпольное польское правительство практически «дублировало» российские учреждения на территории Польши. Добиться этого помогало содействие большей части населения, вовлеченного в движение. Мирные граждане, отложив свои занятия, превращались в чиновников, министров и дипломатов подпольного правительства, и выполняли для него бесконечное количество задач, пересекавшихся иногда с теми, которые выполняли сотрудники наместника. Так, больше года в стране, объятой восстанием, функционировало две власти: власть наместника от имени Александра II и власть возрождающейся Польши.
Этой эффективной «диктатуре» Ромуальда Траугутта был положен конец столь неожиданный, сколь и нелепый — он был арестован в апреле 1864 г. дома в центре Варшавы, где по-прежнему жил с чужим паспортом, позволявшим ему пересекать границы Российской империи. Он пал жертвой признаний молодого студента, участвовавшего в восстании, который, будучи задержан и допрошен полицией, предоставил ей информацию, позволившую арестовать диктатора. Но за шесть месяцев, отделявших приход к власти Траугутта от его ареста, восстание приняло широкий размах не только в Польше, но — что гораздо больше беспокоило Александра II — и в других частях империи благодаря усилиям поляков, распространявших там революционные идеи.
Некоторые польские эмиссары, вдохновленные русским народничеством, действительно объезжали украинские села, пытаясь убедить колеблющихся крестьян в том, что у их бед общий корень — гнет русских, который необходимо устранить. На самой Украине их усилия не увенчались успехом. В Белоруссии, где жило много евреев и где бедные крестьяне более внимательно прислушивались к этим призывам, наметились контуры повстанческого движения. Но призыв солидарности с восставшими был услышан прежде всего в Литве. В этом призыве ссылались на долгую славную общую историю, поскольку адресовался он к «польско-литовско-русинской нации». Реакция литовцев показала, что эта